南方医科大学学报
南方醫科大學學報
남방의과대학학보
JOURNAL OF SOUTHERN MEDICAL UNIVERSITY
2008年
9期
1582-1585
,共4页
廖之君%马文丽%梁爽%孟伟%商涛%郑文岭
廖之君%馬文麗%樑爽%孟偉%商濤%鄭文嶺
료지군%마문려%량상%맹위%상도%정문령
组织选择性%肝%转录因子%转录因子结合位点%转录调控网络
組織選擇性%肝%轉錄因子%轉錄因子結閤位點%轉錄調控網絡
조직선택성%간%전록인자%전록인자결합위점%전록조공망락
目的 探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制.方法 按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究.收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络.结果 获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFS,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关.调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2RIB基因与网络中DUSP10基因部分功能相似.结论 LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与几肿的调控.
目的 探討肝髒組織選擇性基因錶達的轉錄調控機製.方法 按照基因功能的差異對組織選擇性Affymetrix探針集(共3919條探針)進行聚類,挑選肝組織選擇性細胞通訊類(LSCC)基因進行研究.收集各基因上遊的500箇堿基序列,用3種軟件分彆預測這些基因的轉錄因子(TFs)以及轉錄因子結閤位點(TFBS),併進行文獻挖掘,最後構建基因轉錄調控網絡.結果 穫得含23箇基因的肝組織選擇性細胞通訊類探針集,兩種軟件預測分彆得到50和72箇TFs,兩者交集有18箇相同TFS,得分最高前10條TFBS序列基本上與預測的TFs相對應,文獻挖掘結果提示LSCC基因和TFs除具有肝組織的選擇性、轉錄因子的一般性詞彙外,還與白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂類、代謝、JNK等顯著相關.調控網絡顯示LSCC基因和TFs具有參與糖、脂代謝調節,結閤、轉運功能,凝血信號轉導,炎癥應答等功能,未進入網絡的PPP2RIB基因與網絡中DUSP10基因部分功能相似.結論 LSCC基因和預測的TFs參與肝髒多種重要功能的調控,這些功能整閤在複雜的轉錄調控網絡中,轉錄因子JUN可能是髮揮調控作用的重要靶點,推測PPP2R1B也可能參與幾腫的調控.
목적 탐토간장조직선택성기인표체적전록조공궤제.방법 안조기인공능적차이대조직선택성Affymetrix탐침집(공3919조탐침)진행취류,도선간조직선택성세포통신류(LSCC)기인진행연구.수집각기인상유적500개감기서렬,용3충연건분별예측저사기인적전록인자(TFs)이급전록인자결합위점(TFBS),병진행문헌알굴,최후구건기인전록조공망락.결과 획득함23개기인적간조직선택성세포통신류탐침집,량충연건예측분별득도50화72개TFs,량자교집유18개상동TFS,득분최고전10조TFBS서렬기본상여예측적TFs상대응,문헌알굴결과제시LSCC기인화TFs제구유간조직적선택성、전록인자적일반성사회외,환여백단백、당뇨병、포도당、지류、대사、JNK등현저상관.조공망락현시LSCC기인화TFs구유삼여당、지대사조절,결합、전운공능,응혈신호전도,염증응답등공능,미진입망락적PPP2RIB기인여망락중DUSP10기인부분공능상사.결론 LSCC기인화예측적TFs삼여간장다충중요공능적조공,저사공능정합재복잡적전록조공망락중,전록인자JUN가능시발휘조공작용적중요파점,추측PPP2R1B야가능삼여궤종적조공.
