计算机工程与应用
計算機工程與應用
계산궤공정여응용
COMPUTER ENGINEERING AND APPLICATIONS
2009年
32期
5-8,221
,共5页
高建召%胡刚%王奎%崔家峰
高建召%鬍剛%王奎%崔傢峰
고건소%호강%왕규%최가봉
蛋白质结构比对%广义极值分布%二面角序列%动态时间规整%p-value
蛋白質結構比對%廣義極值分佈%二麵角序列%動態時間規整%p-value
단백질결구비대%엄의겁치분포%이면각서렬%동태시간규정%p-value
protein structure comparison%generalized extreme value distribution%dihedral angle series%dynamic time warping%p-value
蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要.提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法.通过动态时间规整算法比对二面角序列,来比较蛋白质的结构,拟合两蛋白结构距离的分布后,利用p-value来评价比对的好坏.主要结果有:利用动态时间规整算法计算得出的结构距离是一个很好的蛋白质结构相似性度量;结构距离服从参数为μ=94.769 7,σ=41.5837,ξ=0.192 5的广义的极值分布;和其他结构比对算法相比,该算法比CTSS的搜索结果要好.
蛋白質結構比對對理解蛋白質功能和進化關繫非常重要.提齣一種基于蛋白質殘基的二麵角的結構比對算法.通過動態時間規整算法比對二麵角序列,來比較蛋白質的結構,擬閤兩蛋白結構距離的分佈後,利用p-value來評價比對的好壞.主要結果有:利用動態時間規整算法計算得齣的結構距離是一箇很好的蛋白質結構相似性度量;結構距離服從參數為μ=94.769 7,σ=41.5837,ξ=0.192 5的廣義的極值分佈;和其他結構比對算法相比,該算法比CTSS的搜索結果要好.
단백질결구비대대리해단백질공능화진화관계비상중요.제출일충기우단백질잔기적이면각적결구비대산법.통과동태시간규정산법비대이면각서렬,래비교단백질적결구,의합량단백결구거리적분포후,이용p-value래평개비대적호배.주요결과유:이용동태시간규정산법계산득출적결구거리시일개흔호적단백질결구상사성도량;결구거리복종삼수위μ=94.769 7,σ=41.5837,ξ=0.192 5적엄의적겁치분포;화기타결구비대산법상비,해산법비CTSS적수색결과요호.
Protein structure comparison is very important to protein function and evolution.This paper proposes a novel algorithm based on dihedral angle.It uses dynamic time warping to align angle series.After fitting the distribution of aligned score,it uses p-value to evaluate the result of alignment.The results reported here show that (1)The aligned score is a good similarity measure in analysis of the protein.(2)Aligned score is following the generalized extreme value distribution with parameters μ=94.769 7,σ=41.583 7,ξ=0.192 5.(3)Compared with other algorithm of structure alignment,the algorithm performs better than CTSS.
