中国人兽共患病学报
中國人獸共患病學報
중국인수공환병학보
CHINESE JOURNAL OF ZOONOSES
2007年
3期
244-247
,共4页
韩跃华%刘文忠%史耀舟%卢莉琼%萧树东%赵国屏
韓躍華%劉文忠%史耀舟%盧莉瓊%蕭樹東%趙國屏
한약화%류문충%사요주%로리경%소수동%조국병
幽门螺杆菌%基因组DNA芯片%研制
幽門螺桿菌%基因組DNA芯片%研製
유문라간균%기인조DNA심편%연제
目的 研制幽门螺杆菌(H.pylori)基因组DNA芯片.方法 以H.pylori 26695和J99作为模板,利用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段.使用Genemachine点样仪进行点样,采用Cy3-dCTP或Cy5-dCTP以及Klenow片段标记H.pylori基因组DNA,并完成芯片杂交和数据读取.数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)＜0.5则认为不存在这一基因(记作0),若ratio值≥0.5则认为存在这一基因(记作1).使用芯片重复性、信噪比以及假阳性率和假阴性率评估芯片质量.结果 研制的H.pylori基因组DNA芯片共包括1 882个基因片段,相对应于1 636个ORF,其中H.pylori 26695为1 549个,H.pylori J99为87个.信噪比(S/N)＜2的基因点数约为10%.芯片的假阳性率分别为3.4%(H.pylori 26695)和7.21%(H.pylori J99),假阴性率分别为0.27%(H.pylori 26695)和0.24%(H.pylori J99).芯片内点间重复率为98%,芯片间重复率为97%.结论 成功制备了H.pylori基因组DNA芯片,所制备的芯片具有较高点一致性、信噪比和统计学重复性,为在全基因组范围内进行H.pylori的基础和应用研究提供了一工具.
目的 研製幽門螺桿菌(H.pylori)基因組DNA芯片.方法 以H.pylori 26695和J99作為模闆,利用多聚酶鏈反應(PCR)擴增得到所需要的開放閱讀框(open reading frame,ORF)片段.使用Genemachine點樣儀進行點樣,採用Cy3-dCTP或Cy5-dCTP以及Klenow片段標記H.pylori基因組DNA,併完成芯片雜交和數據讀取.數據判斷標準是標化後Cy3/Cy5比值(ratio)＜0.5則認為不存在這一基因(記作0),若ratio值≥0.5則認為存在這一基因(記作1).使用芯片重複性、信譟比以及假暘性率和假陰性率評估芯片質量.結果 研製的H.pylori基因組DNA芯片共包括1 882箇基因片段,相對應于1 636箇ORF,其中H.pylori 26695為1 549箇,H.pylori J99為87箇.信譟比(S/N)＜2的基因點數約為10%.芯片的假暘性率分彆為3.4%(H.pylori 26695)和7.21%(H.pylori J99),假陰性率分彆為0.27%(H.pylori 26695)和0.24%(H.pylori J99).芯片內點間重複率為98%,芯片間重複率為97%.結論 成功製備瞭H.pylori基因組DNA芯片,所製備的芯片具有較高點一緻性、信譟比和統計學重複性,為在全基因組範圍內進行H.pylori的基礎和應用研究提供瞭一工具.
목적 연제유문라간균(H.pylori)기인조DNA심편.방법 이H.pylori 26695화J99작위모판,이용다취매련반응(PCR)확증득도소수요적개방열독광(open reading frame,ORF)편단.사용Genemachine점양의진행점양,채용Cy3-dCTP혹Cy5-dCTP이급Klenow편단표기H.pylori기인조DNA,병완성심편잡교화수거독취.수거판단표준시표화후Cy3/Cy5비치(ratio)＜0.5칙인위불존재저일기인(기작0),약ratio치≥0.5칙인위존재저일기인(기작1).사용심편중복성、신조비이급가양성솔화가음성솔평고심편질량.결과 연제적H.pylori기인조DNA심편공포괄1 882개기인편단,상대응우1 636개ORF,기중H.pylori 26695위1 549개,H.pylori J99위87개.신조비(S/N)＜2적기인점수약위10%.심편적가양성솔분별위3.4%(H.pylori 26695)화7.21%(H.pylori J99),가음성솔분별위0.27%(H.pylori 26695)화0.24%(H.pylori J99).심편내점간중복솔위98%,심편간중복솔위97%.결론 성공제비료H.pylori기인조DNA심편,소제비적심편구유교고점일치성、신조비화통계학중복성,위재전기인조범위내진행H.pylori적기출화응용연구제공료일공구.
