南京农业大学学报
南京農業大學學報
남경농업대학학보
JOURNAL OF NANJING AGRICULTURAL UNIVERSITY
2012年
4期
47-53
,共7页
李晓颖%王玉柱%上官凌飞%宁宁%房经贵
李曉穎%王玉柱%上官凌飛%寧寧%房經貴
리효영%왕옥주%상관릉비%저저%방경귀
梅%杏%桃%表达序列标签%单核苷酸多态性%发生频率
梅%杏%桃%錶達序列標籤%單覈苷痠多態性%髮生頻率
매%행%도%표체서렬표첨%단핵감산다태성%발생빈솔
通过生物信息学手段,下载GenBank数据库中已公布的梅、杏、桃3个物种EST序列各4 660、15388、82583条,利用CAP3软件拼接后序列分别为4456、5595和24243条.经比对发现,同源序列592条,同源序列的总长度为235576bp,平均长度和同源性分别为437.67bp和97.50％；进行Blast比对后发现,所有同源序列中有340个具有相应的功能注释,183个为未知功能蛋白,其余69个为没有相应序列信息的新基因；在所有同源序列中共发现8818个SNP,总频率为每SNP26.71bp,并以转换和颠换为主.同时,对3个物种的同源序列进行两两比较发现,SNP数量明显少于这三者比较的结果.利用所有SNP对梅、杏、桃3个特种进行聚类分析,结果表明,梅、杏的亲缘关系较近,而两者与桃亲缘关系较远.
通過生物信息學手段,下載GenBank數據庫中已公佈的梅、杏、桃3箇物種EST序列各4 660、15388、82583條,利用CAP3軟件拼接後序列分彆為4456、5595和24243條.經比對髮現,同源序列592條,同源序列的總長度為235576bp,平均長度和同源性分彆為437.67bp和97.50％；進行Blast比對後髮現,所有同源序列中有340箇具有相應的功能註釋,183箇為未知功能蛋白,其餘69箇為沒有相應序列信息的新基因；在所有同源序列中共髮現8818箇SNP,總頻率為每SNP26.71bp,併以轉換和顛換為主.同時,對3箇物種的同源序列進行兩兩比較髮現,SNP數量明顯少于這三者比較的結果.利用所有SNP對梅、杏、桃3箇特種進行聚類分析,結果錶明,梅、杏的親緣關繫較近,而兩者與桃親緣關繫較遠.
통과생물신식학수단,하재GenBank수거고중이공포적매、행、도3개물충EST서렬각4 660、15388、82583조,이용CAP3연건병접후서렬분별위4456、5595화24243조.경비대발현,동원서렬592조,동원서렬적총장도위235576bp,평균장도화동원성분별위437.67bp화97.50％；진행Blast비대후발현,소유동원서렬중유340개구유상응적공능주석,183개위미지공능단백,기여69개위몰유상응서렬신식적신기인；재소유동원서렬중공발현8818개SNP,총빈솔위매SNP26.71bp,병이전환화전환위주.동시,대3개물충적동원서렬진행량량비교발현,SNP수량명현소우저삼자비교적결과.이용소유SNP대매、행、도3개특충진행취류분석,결과표명,매、행적친연관계교근,이량자여도친연관계교원.
