生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2012年
3期
154-157
,共4页
王志刚%谢丽芳%陈鑫%杨啸林%彭屹%张正国
王誌剛%謝麗芳%陳鑫%楊嘯林%彭屹%張正國
왕지강%사려방%진흠%양소림%팽흘%장정국
疾病表型%语义%相似性%生物通路
疾病錶型%語義%相似性%生物通路
질병표형%어의%상사성%생물통로
已知一种药物可用于治疗某疾病,则该药物可能对与该疾病具有相似表型的其他疾病有疗效.因此,大规模地计算疾病表型相似性可辅助发现的疾病新的治疗方法.我们从OMIM下载了3742种疾病的表型信息,从Mesh词库下载13721个关联解剖学和疾病症状的注释词.我们将以上的Mesh词逐一在3742种疾病的表型信息文本中搜索,得到每种疾病涉及的Mesh词汇列表,进而基于语义分析的方法系统地计算了疾病表型的两两相似性矩阵.我们发现疾病关联生物通路最多的有肿瘤生物通路,胰岛素信号通路,肥大心肌病通路和细胞粘附通路等.随疾病对表型相似度的增加,其更涉及相同KEGG生物通路的概率亦增加,证明了本文方法的可靠性.疾病表型相似性可作为疾病在基因水平相似性的补充,有望为药物发现研究提供一条新途径.
已知一種藥物可用于治療某疾病,則該藥物可能對與該疾病具有相似錶型的其他疾病有療效.因此,大規模地計算疾病錶型相似性可輔助髮現的疾病新的治療方法.我們從OMIM下載瞭3742種疾病的錶型信息,從Mesh詞庫下載13721箇關聯解剖學和疾病癥狀的註釋詞.我們將以上的Mesh詞逐一在3742種疾病的錶型信息文本中搜索,得到每種疾病涉及的Mesh詞彙列錶,進而基于語義分析的方法繫統地計算瞭疾病錶型的兩兩相似性矩陣.我們髮現疾病關聯生物通路最多的有腫瘤生物通路,胰島素信號通路,肥大心肌病通路和細胞粘附通路等.隨疾病對錶型相似度的增加,其更涉及相同KEGG生物通路的概率亦增加,證明瞭本文方法的可靠性.疾病錶型相似性可作為疾病在基因水平相似性的補充,有望為藥物髮現研究提供一條新途徑.
이지일충약물가용우치료모질병,칙해약물가능대여해질병구유상사표형적기타질병유료효.인차,대규모지계산질병표형상사성가보조발현적질병신적치료방법.아문종OMIM하재료3742충질병적표형신식,종Mesh사고하재13721개관련해부학화질병증상적주석사.아문장이상적Mesh사축일재3742충질병적표형신식문본중수색,득도매충질병섭급적Mesh사회렬표,진이기우어의분석적방법계통지계산료질병표형적량량상사성구진.아문발현질병관련생물통로최다적유종류생물통로,이도소신호통로,비대심기병통로화세포점부통로등.수질병대표형상사도적증가,기경섭급상동KEGG생물통로적개솔역증가,증명료본문방법적가고성.질병표형상사성가작위질병재기인수평상사성적보충,유망위약물발현연구제공일조신도경.
