计算机应用研究
計算機應用研究
계산궤응용연구
APPLICATION RESEARCH OF COMPUTERS
2010年
9期
3409-3414
,共6页
翟艳堂%涂强%郎显宇%陆忠华%迟学斌
翟豔堂%塗彊%郎顯宇%陸忠華%遲學斌
적염당%도강%랑현우%륙충화%지학빈
蛋白质翻译后修饰鉴定%MS-Alignment%图形处理器%统一计算设备架构
蛋白質翻譯後脩飾鑒定%MS-Alignment%圖形處理器%統一計算設備架構
단백질번역후수식감정%MS-Alignment%도형처리기%통일계산설비가구
对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础.基于CUDA编程模型使用图形处理器(GPU)对步骤数据库检索及候选肽段生成进行加速优化,设计了该步骤在单GPU上的实现方法.测试结果表明,此方法平均加速比为30倍以上,效果良好,可以满足蛋白质翻译后修饰鉴定中大规模数据快速计算的需求.
對MS-Alignment算法進行分析得齣該算法很難滿足大規模數據對鑒定速度的要求,而且具有的一箇特點是相同的任務在不同的數據上重複計算,為數據劃分提供瞭基礎.基于CUDA編程模型使用圖形處理器(GPU)對步驟數據庫檢索及候選肽段生成進行加速優化,設計瞭該步驟在單GPU上的實現方法.測試結果錶明,此方法平均加速比為30倍以上,效果良好,可以滿足蛋白質翻譯後脩飾鑒定中大規模數據快速計算的需求.
대MS-Alignment산법진행분석득출해산법흔난만족대규모수거대감정속도적요구,이차구유적일개특점시상동적임무재불동적수거상중복계산,위수거화분제공료기출.기우CUDA편정모형사용도형처리기(GPU)대보취수거고검색급후선태단생성진행가속우화,설계료해보취재단GPU상적실현방법.측시결과표명,차방법평균가속비위30배이상,효과량호,가이만족단백질번역후수식감정중대규모수거쾌속계산적수구.
