科技视界
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과기시계
Science&Technology Vision
2012年
7期
30-31
,共2页
P53蛋白%残基突变%分子动力学模拟%自由能
P53蛋白%殘基突變%分子動力學模擬%自由能
P53단백%잔기돌변%분자동역학모의%자유능
肝细胞癌(HCC)是一种常见的恶性肿瘤,在全世界范围内造成的影响非常严重.实验证明,在HCC中约有50％的P53会发生突变,主要集中在R249位点上.但是,实验上还不能得到P53-DNA结合域残基突变时准确结构的动力学和热力学性质.而分子动力学模拟就是一个能在原子水平上研究这个体系的有力工具.在本文中,采用GROMACS软件包和43A1力场,分别对野生型wtP53肽段和单点突变型P53-R249S肽段进行2组独立的分子动力学模拟,每组体系模拟时间分别为300ns.通过分析模拟轨迹发现,单点突变型P53-R249S肽段的自由能较低,而野生型P53肽段有一个相对稳定的中间态结构；单点突变型P53-R249S肽段的中心构象含有α螺旋结构,而野生型P53肽段没有α螺旋结构,只有β片结构.该研究从原子水平上揭示单点突变型P53-R249S肽段和野生型P53肽段构象差异的动力学和热力学特性,有利于我们更好地理解P53残基突变引起肝细胞癌的微观致病机制.
肝細胞癌(HCC)是一種常見的噁性腫瘤,在全世界範圍內造成的影響非常嚴重.實驗證明,在HCC中約有50％的P53會髮生突變,主要集中在R249位點上.但是,實驗上還不能得到P53-DNA結閤域殘基突變時準確結構的動力學和熱力學性質.而分子動力學模擬就是一箇能在原子水平上研究這箇體繫的有力工具.在本文中,採用GROMACS軟件包和43A1力場,分彆對野生型wtP53肽段和單點突變型P53-R249S肽段進行2組獨立的分子動力學模擬,每組體繫模擬時間分彆為300ns.通過分析模擬軌跡髮現,單點突變型P53-R249S肽段的自由能較低,而野生型P53肽段有一箇相對穩定的中間態結構；單點突變型P53-R249S肽段的中心構象含有α螺鏇結構,而野生型P53肽段沒有α螺鏇結構,隻有β片結構.該研究從原子水平上揭示單點突變型P53-R249S肽段和野生型P53肽段構象差異的動力學和熱力學特性,有利于我們更好地理解P53殘基突變引起肝細胞癌的微觀緻病機製.
간세포암(HCC)시일충상견적악성종류,재전세계범위내조성적영향비상엄중.실험증명,재HCC중약유50％적P53회발생돌변,주요집중재R249위점상.단시,실험상환불능득도P53-DNA결합역잔기돌변시준학결구적동역학화열역학성질.이분자동역학모의취시일개능재원자수평상연구저개체계적유력공구.재본문중,채용GROMACS연건포화43A1력장,분별대야생형wtP53태단화단점돌변형P53-R249S태단진행2조독립적분자동역학모의,매조체계모의시간분별위300ns.통과분석모의궤적발현,단점돌변형P53-R249S태단적자유능교저,이야생형P53태단유일개상대은정적중간태결구；단점돌변형P53-R249S태단적중심구상함유α라선결구,이야생형P53태단몰유α라선결구,지유β편결구.해연구종원자수평상게시단점돌변형P53-R249S태단화야생형P53태단구상차이적동역학화열역학특성,유리우아문경호지리해P53잔기돌변인기간세포암적미관치병궤제.
