计算机应用
計算機應用
계산궤응용
COMPUTER APPLICATION
2012年
1期
163-166
,共4页
白明泽%程丽%豆育升%孙世新
白明澤%程麗%豆育升%孫世新
백명택%정려%두육승%손세신
分子动力学%并行计算%多核中央处理器%OpenMP%临界区
分子動力學%併行計算%多覈中央處理器%OpenMP%臨界區
분자동역학%병행계산%다핵중앙처리기%OpenMP%림계구
为提高分子动力学模拟在共享内存式服务器上的计算速度,对基于OpenMP的分子动力学并行算法(Critical方法)进行了性能分析与优化.通过在多核服务器上的测试,以及加速比和并行效率的计算分析了Critical方法的并行性能,进而提出优化的三角形方法.所提方法中每个线程所计算的粒子数固定,且粒子数目呈阶梯状上升,使得各线程能够错时到达临界区.从而使程序在临界区的闲置时间比Critical方法减半,加速比明显提高.
為提高分子動力學模擬在共享內存式服務器上的計算速度,對基于OpenMP的分子動力學併行算法(Critical方法)進行瞭性能分析與優化.通過在多覈服務器上的測試,以及加速比和併行效率的計算分析瞭Critical方法的併行性能,進而提齣優化的三角形方法.所提方法中每箇線程所計算的粒子數固定,且粒子數目呈階梯狀上升,使得各線程能夠錯時到達臨界區.從而使程序在臨界區的閒置時間比Critical方法減半,加速比明顯提高.
위제고분자동역학모의재공향내존식복무기상적계산속도,대기우OpenMP적분자동역학병행산법(Critical방법)진행료성능분석여우화.통과재다핵복무기상적측시,이급가속비화병행효솔적계산분석료Critical방법적병행성능,진이제출우화적삼각형방법.소제방법중매개선정소계산적입자수고정,차입자수목정계제상상승,사득각선정능구착시도체림계구.종이사정서재림계구적한치시간비Critical방법감반,가속비명현제고.
