北方园艺
北方園藝
북방완예
NORTHERN HORTICULTURE
2011年
17期
131-133
,共3页
贾小平%史国安%孔祥生%范丙友%张龙
賈小平%史國安%孔祥生%範丙友%張龍
가소평%사국안%공상생%범병우%장룡
牡丹%EST序列%微卫星分布%功能注释
牡丹%EST序列%微衛星分佈%功能註釋
모단%EST서렬%미위성분포%공능주석
NCBI的dbEST数据库中2 204条牡丹EST序列经过预处理获得2 048个高质量的序列,经拼接,获得318个Contigs和636个Singlets.其中142条拼接序列共检测出167个微卫星(简单序列重复,SSR),平均1.18个SSR/Contig或Singlet.这些微卫星从二至四核苷酸重复都有出现,二、三核苷酸重复类型占多数(97.61％),其中二核苷酸重复为46.71％,三核苷酸重复为50.90％.二核苷酸重复类型中出现最多的是AG/TC和GA/CT,分别占SSR总数的20.36％和16.77％,三核苷酸重复类型以AGA/TCT、GAT/ATC最多,分别占总SSR的5.40％.最后对含有微卫星的Contigs和Singlets进行基因注释、功能分类.
NCBI的dbEST數據庫中2 204條牡丹EST序列經過預處理穫得2 048箇高質量的序列,經拼接,穫得318箇Contigs和636箇Singlets.其中142條拼接序列共檢測齣167箇微衛星(簡單序列重複,SSR),平均1.18箇SSR/Contig或Singlet.這些微衛星從二至四覈苷痠重複都有齣現,二、三覈苷痠重複類型佔多數(97.61％),其中二覈苷痠重複為46.71％,三覈苷痠重複為50.90％.二覈苷痠重複類型中齣現最多的是AG/TC和GA/CT,分彆佔SSR總數的20.36％和16.77％,三覈苷痠重複類型以AGA/TCT、GAT/ATC最多,分彆佔總SSR的5.40％.最後對含有微衛星的Contigs和Singlets進行基因註釋、功能分類.
NCBI적dbEST수거고중2 204조모단EST서렬경과예처리획득2 048개고질량적서렬,경병접,획득318개Contigs화636개Singlets.기중142조병접서렬공검측출167개미위성(간단서렬중복,SSR),평균1.18개SSR/Contig혹Singlet.저사미위성종이지사핵감산중복도유출현,이、삼핵감산중복류형점다수(97.61％),기중이핵감산중복위46.71％,삼핵감산중복위50.90％.이핵감산중복류형중출현최다적시AG/TC화GA/CT,분별점SSR총수적20.36％화16.77％,삼핵감산중복류형이AGA/TCT、GAT/ATC최다,분별점총SSR적5.40％.최후대함유미위성적Contigs화Singlets진행기인주석、공능분류.
