计算机研究与发展
計算機研究與髮展
계산궤연구여발전
JOURNAL OF COMPUTER RESEARCH AND DEVELOPMENT
2005年
6期
930-937
,共8页
全局Smith-Waterman算法%可重构%硬件加速卡%FPGA
全跼Smith-Waterman算法%可重構%硬件加速卡%FPGA
전국Smith-Waterman산법%가중구%경건가속잡%FPGA
人类基因组测序工作完成后,对基因数据的处理和分析能力提出了更高的要求.生物信息学的基本研究方法之一就是计算,其算法的特点是数据量较大、算法比较简单、运算类型单一、重复性较强、潜在的并行度较高.用现有的大规模并行机或超级服务器等通用系统解决这些问题,既浪费系统的资源,使用维护也比较复杂,有些问题甚至无法在限定的时间内完成.提出了一种比较通用的算法可重构硬件加速卡的体系结构,以全局Smith-Waterman算法为例,阐述了从算法到硬件实现的映射过程,并指出了将其他类型算法映射到该加速卡上的可行性.
人類基因組測序工作完成後,對基因數據的處理和分析能力提齣瞭更高的要求.生物信息學的基本研究方法之一就是計算,其算法的特點是數據量較大、算法比較簡單、運算類型單一、重複性較彊、潛在的併行度較高.用現有的大規模併行機或超級服務器等通用繫統解決這些問題,既浪費繫統的資源,使用維護也比較複雜,有些問題甚至無法在限定的時間內完成.提齣瞭一種比較通用的算法可重構硬件加速卡的體繫結構,以全跼Smith-Waterman算法為例,闡述瞭從算法到硬件實現的映射過程,併指齣瞭將其他類型算法映射到該加速卡上的可行性.
인류기인조측서공작완성후,대기인수거적처리화분석능력제출료경고적요구.생물신식학적기본연구방법지일취시계산,기산법적특점시수거량교대、산법비교간단、운산류형단일、중복성교강、잠재적병행도교고.용현유적대규모병행궤혹초급복무기등통용계통해결저사문제,기낭비계통적자원,사용유호야비교복잡,유사문제심지무법재한정적시간내완성.제출료일충비교통용적산법가중구경건가속잡적체계결구,이전국Smith-Waterman산법위례,천술료종산법도경건실현적영사과정,병지출료장기타류형산법영사도해가속잡상적가행성.
