国际免疫学杂志
國際免疫學雜誌
국제면역학잡지
INTERNATIONAL JOURNAL OF IMMUNOLOGY
2012年
4期
299-302
,共4页
Mimox软件%模拟表位%幽门螺杆菌%Catalase
Mimox軟件%模擬錶位%幽門螺桿菌%Catalase
Mimox연건%모의표위%유문라간균%Catalase
Mimox Software%Mimotope%Helicobacter pylori%Catalase
目的 利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Catalase蛋白模拟表位的性质,并与手工比对结果进行比较.方法 将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的5个Catalase模拟表位输入Mimox网站,参数设定为默认值,进行模拟表位的比对,寻找共同序列并分析其性质.结果 从ClustalW界面比对结果看,氨基酸P、T、S、L、A出现频率较高,通过统计学的方法推导出的共同序列为-[ HST] X[ DST] FRPXA [ TNQ][ LV][FW]T-,其中氨基酸P(80％)和A(60％)的出现频率较高.通过JalView界面推导出的共同序列为-H-DFRP-AT-T-,保守性上氨基酸T(分值8)、P(分值6)、D(分值5)比较高；特性上氨基酸T(分值2.4595077)、P(分值2.235784)、R(分值2.1615076)比较高；共同性(consensus)上氨基酸P(80％)、A(60％)、T(60％)比较高,与先前手工比对得出的结论基本相符.结论 结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对模拟表位进行分析,可以获得较全面的表位信息.
目的 利用Mimox軟件分析幽門螺桿菌Catalase蛋白模擬錶位的性質,併與手工比對結果進行比較.方法 將源于噬菌體隨機肽庫篩選技術穫得的5箇Catalase模擬錶位輸入Mimox網站,參數設定為默認值,進行模擬錶位的比對,尋找共同序列併分析其性質.結果 從ClustalW界麵比對結果看,氨基痠P、T、S、L、A齣現頻率較高,通過統計學的方法推導齣的共同序列為-[ HST] X[ DST] FRPXA [ TNQ][ LV][FW]T-,其中氨基痠P(80％)和A(60％)的齣現頻率較高.通過JalView界麵推導齣的共同序列為-H-DFRP-AT-T-,保守性上氨基痠T(分值8)、P(分值6)、D(分值5)比較高；特性上氨基痠T(分值2.4595077)、P(分值2.235784)、R(分值2.1615076)比較高；共同性(consensus)上氨基痠P(80％)、A(60％)、T(60％)比較高,與先前手工比對得齣的結論基本相符.結論 結閤噬菌體篩選技術和生物信息學Mimox工具對模擬錶位進行分析,可以穫得較全麵的錶位信息.
목적 이용Mimox연건분석유문라간균Catalase단백모의표위적성질,병여수공비대결과진행비교.방법 장원우서균체수궤태고사선기술획득적5개Catalase모의표위수입Mimox망참,삼수설정위묵인치,진행모의표위적비대,심조공동서렬병분석기성질.결과 종ClustalW계면비대결과간,안기산P、T、S、L、A출현빈솔교고,통과통계학적방법추도출적공동서렬위-[ HST] X[ DST] FRPXA [ TNQ][ LV][FW]T-,기중안기산P(80％)화A(60％)적출현빈솔교고.통과JalView계면추도출적공동서렬위-H-DFRP-AT-T-,보수성상안기산T(분치8)、P(분치6)、D(분치5)비교고；특성상안기산T(분치2.4595077)、P(분치2.235784)、R(분치2.1615076)비교고；공동성(consensus)상안기산P(80％)、A(60％)、T(60％)비교고,여선전수공비대득출적결론기본상부.결론 결합서균체사선기술화생물신식학Mimox공구대모의표위진행분석,가이획득교전면적표위신식.
Objective To analyze the characteristics of mimotopes from Helicobacter pylori Catalase using Mimox software and compare with manually alignment.Methods Five mimotopes derived from phage display library were input Mimox web (http://immunet.cn/mimox/) and aligned with all parameters as defaults.Results The interlace ClustalW aligned the set of mimotopes and the appearance frequency of amino acids P,T,S,L,A was higher.The statistical method deduced the consensus sequence-[ HST] X [DST] FRPXA [ TNQ ] [ LV ] [ FW ] T-,in which the appearance frequency of amino acids P ( 80％ ) and A (60％) was higher.The interface JalView deduced the consensus sequence-H-DFRP-AT-T-,in which the conservation of amino acid T( value 8),P( value 6),D( value 5 ) was higher,the quality of amino acid T( value 2.4595077),P( value 2.235784),R(value 2.1615076) was higher,the consensus of amino acid P( 80％ ),A(60％ ),T(60％ )was higher.The results were consistent with manul alignment although there exited discrepancy.Conclusion The combination of phage display library and Mimox may analyze characteristics of minotopes and obtain comprehensive epitope information.
