化学学报
化學學報
화학학보
ACTA CHIMICA SINICA
2000年
7期
772-776
,共5页
刘志杰%江林%李维忠%韩玉真%来鲁华
劉誌傑%江林%李維忠%韓玉真%來魯華
류지걸%강림%리유충%한옥진%래로화
蛋白质%配体%对接%环区%铰链%诱导契合效应%亚稳态假设
蛋白質%配體%對接%環區%鉸鏈%誘導契閤效應%亞穩態假設
단백질%배체%대접%배구%교련%유도계합효응%아은태가설
蛋白质分子与配体的作用模式主要有直接的环区结合及铰链式结合两种方式.针对这两种不同的作用方式,我们提出采用不同的策略进行结合过程的构象研究.对于直接的环区结合模式,通过建立环区主链构象库,来实现蛋白质环区与配体的准柔性对接,并以链霉抗生物素蛋白体系为例对构象库建立的可行性进行了验证计算.对铰链结合方式,采用分步对接的方法进行计算,并具体应用于HIV蛋白酶与其小分子配体的结合过程.计算结果表明,这两种处理方法分别能较好地模拟不同类型的蛋白质与配体结合后的构象变化.
蛋白質分子與配體的作用模式主要有直接的環區結閤及鉸鏈式結閤兩種方式.針對這兩種不同的作用方式,我們提齣採用不同的策略進行結閤過程的構象研究.對于直接的環區結閤模式,通過建立環區主鏈構象庫,來實現蛋白質環區與配體的準柔性對接,併以鏈黴抗生物素蛋白體繫為例對構象庫建立的可行性進行瞭驗證計算.對鉸鏈結閤方式,採用分步對接的方法進行計算,併具體應用于HIV蛋白酶與其小分子配體的結閤過程.計算結果錶明,這兩種處理方法分彆能較好地模擬不同類型的蛋白質與配體結閤後的構象變化.
단백질분자여배체적작용모식주요유직접적배구결합급교련식결합량충방식.침대저량충불동적작용방식,아문제출채용불동적책략진행결합과정적구상연구.대우직접적배구결합모식,통과건립배구주련구상고,래실현단백질배구여배체적준유성대접,병이련매항생물소단백체계위례대구상고건립적가행성진행료험증계산.대교련결합방식,채용분보대접적방법진행계산,병구체응용우HIV단백매여기소분자배체적결합과정.계산결과표명,저량충처리방법분별능교호지모의불동류형적단백질여배체결합후적구상변화.
