河南科技大学学报(自然科学版)
河南科技大學學報(自然科學版)
하남과기대학학보(자연과학판)
JOURNAL OF HENAN UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY(NATURAL SCIENCE)
2008年
5期
61-65
,共5页
猪链球菌2型%脂蛋白%生物信息学%毒力因子
豬鏈毬菌2型%脂蛋白%生物信息學%毒力因子
저련구균2형%지단백%생물신식학%독력인자
为鉴别已公布基因组序列的SS2 98HAH33株的脂蛋白,以研究脂蛋白在SS2致病过程中的作用,首先利用PrositeScan和DOLOP脂蛋白预测软件预测98HAH33株的脂蛋白,采用SignalP 3.0 HMM,PrediSi,Phobius和LipoP-HMM分析预测的脂蛋白的信号肽,然后经"多数票决法"鉴定脂蛋白,最后利用InterProScan和BlastP服务器对鉴定的脂蛋白进行功能分析.结果鉴定出31种脂蛋白,占SS2致病株98HAH33蛋白质组的1.465%.功能分析结果表明,共有16种脂蛋白是ABC转运体的底物结合蛋白(SBP),9种SBP基因与其相应通透酶和ATPase基因组成完整ABC转运体的操纵子,参与氨基酸、金属离子、核苷、无机盐等的运输;7种具有与数据库酶域相匹配或经BlastP比对与其他酶有一致性;5种为假定的蛋白;3种脂蛋白具有其他功能.这些资料提示脂蛋白在SS2的生理和致病性方面具有重要作用.
為鑒彆已公佈基因組序列的SS2 98HAH33株的脂蛋白,以研究脂蛋白在SS2緻病過程中的作用,首先利用PrositeScan和DOLOP脂蛋白預測軟件預測98HAH33株的脂蛋白,採用SignalP 3.0 HMM,PrediSi,Phobius和LipoP-HMM分析預測的脂蛋白的信號肽,然後經"多數票決法"鑒定脂蛋白,最後利用InterProScan和BlastP服務器對鑒定的脂蛋白進行功能分析.結果鑒定齣31種脂蛋白,佔SS2緻病株98HAH33蛋白質組的1.465%.功能分析結果錶明,共有16種脂蛋白是ABC轉運體的底物結閤蛋白(SBP),9種SBP基因與其相應通透酶和ATPase基因組成完整ABC轉運體的操縱子,參與氨基痠、金屬離子、覈苷、無機鹽等的運輸;7種具有與數據庫酶域相匹配或經BlastP比對與其他酶有一緻性;5種為假定的蛋白;3種脂蛋白具有其他功能.這些資料提示脂蛋白在SS2的生理和緻病性方麵具有重要作用.
위감별이공포기인조서렬적SS2 98HAH33주적지단백,이연구지단백재SS2치병과정중적작용,수선이용PrositeScan화DOLOP지단백예측연건예측98HAH33주적지단백,채용SignalP 3.0 HMM,PrediSi,Phobius화LipoP-HMM분석예측적지단백적신호태,연후경"다수표결법"감정지단백,최후이용InterProScan화BlastP복무기대감정적지단백진행공능분석.결과감정출31충지단백,점SS2치병주98HAH33단백질조적1.465%.공능분석결과표명,공유16충지단백시ABC전운체적저물결합단백(SBP),9충SBP기인여기상응통투매화ATPase기인조성완정ABC전운체적조종자,삼여안기산、금속리자、핵감、무궤염등적운수;7충구유여수거고매역상필배혹경BlastP비대여기타매유일치성;5충위가정적단백;3충지단백구유기타공능.저사자료제시지단백재SS2적생리화치병성방면구유중요작용.
