物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2010年
10期
2833-2839
,共7页
柯艳蓉%金宏威%刘振明%张亮仁
柯豔蓉%金宏威%劉振明%張亮仁
가염용%금굉위%류진명%장량인
分子动力学模拟%A1腺苷受体%同源模建%GOLD%虚拟筛选
分子動力學模擬%A1腺苷受體%同源模建%GOLD%虛擬篩選
분자동역학모의%A1선감수체%동원모건%GOLD%허의사선
采用同源模建的方法构建了A1腺苷受体的三维结构,并与拈抗剂分子DPCPX对接,将得到的复合物结构进行5 ns的分子动力学模拟,以最后2 ns的平均结构和平衡后抽取的11帧构象共12个蛋白结构为研究对象,用包含52个活性分子和1000个诱饵分子的测试库,分别通过DOCK、VINA和GOLD三种对接软件进行评价,最终得出合理的蛋白质模型.根据top10%的富集因子(EF)和ROC曲线下面积(AU-ROC)的计算结果,我们认为GOLD是最适合A1腺苷受体的对接软件,而12个蛋白质结构中F5和Favg的三维结构模型比较合理,可以作为进一步大规模虚拟筛选的模型.
採用同源模建的方法構建瞭A1腺苷受體的三維結構,併與拈抗劑分子DPCPX對接,將得到的複閤物結構進行5 ns的分子動力學模擬,以最後2 ns的平均結構和平衡後抽取的11幀構象共12箇蛋白結構為研究對象,用包含52箇活性分子和1000箇誘餌分子的測試庫,分彆通過DOCK、VINA和GOLD三種對接軟件進行評價,最終得齣閤理的蛋白質模型.根據top10%的富集因子(EF)和ROC麯線下麵積(AU-ROC)的計算結果,我們認為GOLD是最適閤A1腺苷受體的對接軟件,而12箇蛋白質結構中F5和Favg的三維結構模型比較閤理,可以作為進一步大規模虛擬篩選的模型.
채용동원모건적방법구건료A1선감수체적삼유결구,병여념항제분자DPCPX대접,장득도적복합물결구진행5 ns적분자동역학모의,이최후2 ns적평균결구화평형후추취적11정구상공12개단백결구위연구대상,용포함52개활성분자화1000개유이분자적측시고,분별통과DOCK、VINA화GOLD삼충대접연건진행평개,최종득출합리적단백질모형.근거top10%적부집인자(EF)화ROC곡선하면적(AU-ROC)적계산결과,아문인위GOLD시최괄합A1선감수체적대접연건,이12개단백질결구중F5화Favg적삼유결구모형비교합리,가이작위진일보대규모허의사선적모형.
