核农学报
覈農學報
핵농학보
ACTA AGRICULTURAE NUCLEATAE SINICA
2006年
5期
383-387
,共5页
陈仲中%王梁燕%林军%田兵%华跃进
陳仲中%王樑燕%林軍%田兵%華躍進
진중중%왕량연%림군%전병%화약진
耐辐射奇球菌%非编码RNA%RNA%二级结构
耐輻射奇毬菌%非編碼RNA%RNA%二級結構
내복사기구균%비편마RNA%RNA%이급결구
耐辐射奇球菌(Deinococcus Radiodurans)对电离辐射、紫外线以及强氧化剂等方面具有惊人的抗性.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)在参与转录调控、RNA的加工与修饰、mRNA的转录、蛋白质的运输与稳定性调节等方面具有非常明显的作用.本文通过概率上下文无关算法(Stochastic Context Free Grammar,SCFG),对耐辐射奇球菌R1菌株的基因间序列进行相似二级结构预测,结果发现,在耐辐射奇球菌R1基因组的非编码区存在28个非编码RNA家族.其中IRE家族成员最多,其次是Histone3、tRNA和SECIS家族.所发现的DicF与ctRNA-pGA1、tmRNA等家族成员为细菌所特有.与其他生物比较分析结果显示,可以用这些非编码RNA来研究耐辐射奇球菌的生物学功能,并为进一步研究其DNA损伤与修复分子机制提供依据.
耐輻射奇毬菌(Deinococcus Radiodurans)對電離輻射、紫外線以及彊氧化劑等方麵具有驚人的抗性.非編碼RNA(non-coding RNA,ncRNA)在參與轉錄調控、RNA的加工與脩飾、mRNA的轉錄、蛋白質的運輸與穩定性調節等方麵具有非常明顯的作用.本文通過概率上下文無關算法(Stochastic Context Free Grammar,SCFG),對耐輻射奇毬菌R1菌株的基因間序列進行相似二級結構預測,結果髮現,在耐輻射奇毬菌R1基因組的非編碼區存在28箇非編碼RNA傢族.其中IRE傢族成員最多,其次是Histone3、tRNA和SECIS傢族.所髮現的DicF與ctRNA-pGA1、tmRNA等傢族成員為細菌所特有.與其他生物比較分析結果顯示,可以用這些非編碼RNA來研究耐輻射奇毬菌的生物學功能,併為進一步研究其DNA損傷與脩複分子機製提供依據.
내복사기구균(Deinococcus Radiodurans)대전리복사、자외선이급강양화제등방면구유량인적항성.비편마RNA(non-coding RNA,ncRNA)재삼여전록조공、RNA적가공여수식、mRNA적전록、단백질적운수여은정성조절등방면구유비상명현적작용.본문통과개솔상하문무관산법(Stochastic Context Free Grammar,SCFG),대내복사기구균R1균주적기인간서렬진행상사이급결구예측,결과발현,재내복사기구균R1기인조적비편마구존재28개비편마RNA가족.기중IRE가족성원최다,기차시Histone3、tRNA화SECIS가족.소발현적DicF여ctRNA-pGA1、tmRNA등가족성원위세균소특유.여기타생물비교분석결과현시,가이용저사비편마RNA래연구내복사기구균적생물학공능,병위진일보연구기DNA손상여수복분자궤제제공의거.
