软件学报
軟件學報
연건학보
JOURNAL OF SOFTWARE
2006年
2期
232-241
,共10页
王国仁%葛健%徐恒宇%郑若石
王國仁%葛健%徐恆宇%鄭若石
왕국인%갈건%서항우%정약석
序列相似性查询%范围查询%编辑距离%生物信息学
序列相似性查詢%範圍查詢%編輯距離%生物信息學
서렬상사성사순%범위사순%편집거리%생물신식학
作为基因功能预测的主要手段,序列相似性查询技术是生物信息学领域的研究热点.基因序列和结构的相似性往往决定了基因功能的相似性,因此可以通过基因序列的相似性查找来预测新基因的功能.分析了MRS索引中频率变化和小波变换等相关技术,讨论了它们的缺点和不足,提出了一种基于二分频率变换2-PFT的序列似性查询处理技术.首先,设计了二分频率变换和相应的距离函数,使得系统较之频率变换和小波变换具有更高的过滤能力,极大地提高了系统的性能;其次,解决了处理任意长度查询的问题.理论证明和实验结果均表明,2-PFT系统的性能远远优于MRS系统.
作為基因功能預測的主要手段,序列相似性查詢技術是生物信息學領域的研究熱點.基因序列和結構的相似性往往決定瞭基因功能的相似性,因此可以通過基因序列的相似性查找來預測新基因的功能.分析瞭MRS索引中頻率變化和小波變換等相關技術,討論瞭它們的缺點和不足,提齣瞭一種基于二分頻率變換2-PFT的序列似性查詢處理技術.首先,設計瞭二分頻率變換和相應的距離函數,使得繫統較之頻率變換和小波變換具有更高的過濾能力,極大地提高瞭繫統的性能;其次,解決瞭處理任意長度查詢的問題.理論證明和實驗結果均錶明,2-PFT繫統的性能遠遠優于MRS繫統.
작위기인공능예측적주요수단,서렬상사성사순기술시생물신식학영역적연구열점.기인서렬화결구적상사성왕왕결정료기인공능적상사성,인차가이통과기인서렬적상사성사조래예측신기인적공능.분석료MRS색인중빈솔변화화소파변환등상관기술,토론료타문적결점화불족,제출료일충기우이분빈솔변환2-PFT적서렬사성사순처리기술.수선,설계료이분빈솔변환화상응적거리함수,사득계통교지빈솔변환화소파변환구유경고적과려능력,겁대지제고료계통적성능;기차,해결료처리임의장도사순적문제.이론증명화실험결과균표명,2-PFT계통적성능원원우우MRS계통.
