生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2005年
2期
53-57
,共5页
邱文冰%许丽艳%丘碧波%黄丽娜%吴梦峰%李恩民
邱文冰%許麗豔%丘碧波%黃麗娜%吳夢峰%李恩民
구문빙%허려염%구벽파%황려나%오몽봉%리은민
NGAL基因%顺式作用元件%生物信息学%食管癌细胞
NGAL基因%順式作用元件%生物信息學%食管癌細胞
NGAL기인%순식작용원건%생물신식학%식관암세포
NGAL(neutrophil gelatinase-associated lipocalin)是lipocalin家族的一个新成员,可能是人类的一种新癌基因,但其在肿瘤中的表达调控机制尚不清楚.应用生物信息学手段对NGAL(X99133,包括外显子和内含子)进行分析发现,此区域内含有许多潜在的顺式作用元件,其中主要为增强子元件.对此设计了以下实验:应用PCR技术从食管癌细胞SHEEC基因组DNA中扩增不同长度的NGAL基因片段,将其连接到PGEMT-eacy载体中进行扩增,并测序.NCBI/BLAST分析确认扩增片段为NGAL基因所有,与实验所设计相吻合.在此基础上并应用KEGG/MOTIF检索分析系统对NGAL基因的上述区段进行了顺式作用元件定位分析,结果共鉴定出5个Score值=100分的顺式作用元件位点.这为NGAL基因增强子的鉴定提供了新线索.
NGAL(neutrophil gelatinase-associated lipocalin)是lipocalin傢族的一箇新成員,可能是人類的一種新癌基因,但其在腫瘤中的錶達調控機製尚不清楚.應用生物信息學手段對NGAL(X99133,包括外顯子和內含子)進行分析髮現,此區域內含有許多潛在的順式作用元件,其中主要為增彊子元件.對此設計瞭以下實驗:應用PCR技術從食管癌細胞SHEEC基因組DNA中擴增不同長度的NGAL基因片段,將其連接到PGEMT-eacy載體中進行擴增,併測序.NCBI/BLAST分析確認擴增片段為NGAL基因所有,與實驗所設計相吻閤.在此基礎上併應用KEGG/MOTIF檢索分析繫統對NGAL基因的上述區段進行瞭順式作用元件定位分析,結果共鑒定齣5箇Score值=100分的順式作用元件位點.這為NGAL基因增彊子的鑒定提供瞭新線索.
NGAL(neutrophil gelatinase-associated lipocalin)시lipocalin가족적일개신성원,가능시인류적일충신암기인,단기재종류중적표체조공궤제상불청초.응용생물신식학수단대NGAL(X99133,포괄외현자화내함자)진행분석발현,차구역내함유허다잠재적순식작용원건,기중주요위증강자원건.대차설계료이하실험:응용PCR기술종식관암세포SHEEC기인조DNA중확증불동장도적NGAL기인편단,장기련접도PGEMT-eacy재체중진행확증,병측서.NCBI/BLAST분석학인확증편단위NGAL기인소유,여실험소설계상문합.재차기출상병응용KEGG/MOTIF검색분석계통대NGAL기인적상술구단진행료순식작용원건정위분석,결과공감정출5개Score치=100분적순식작용원건위점.저위NGAL기인증강자적감정제공료신선색.
