四川大学学报（自然科学版）
四川大學學報（自然科學版）
사천대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF SICHUAN UNIVERSITY（NATURAL SCIENCE EDITION）
2012年
1期
230-238
,共9页
桂俊鸿%李校%赵培虎%刘震%王海燕%张义正
桂俊鴻%李校%趙培虎%劉震%王海燕%張義正
계준홍%리교%조배호%류진%왕해연%장의정
比较基因组学%短小芽孢杆菌%枯草芽孢杆菌%转录调控网络
比較基因組學%短小芽孢桿菌%枯草芽孢桿菌%轉錄調控網絡
비교기인조학%단소아포간균%고초아포간균%전록조공망락
为探讨短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的基因调控关系,通过在其亲缘关系最近的模式菌——枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中寻找同源转录因子及其调控基因的方式,预测出B.pumilus的候选转录调控网络；并利用转录因子绑定位点的位置权重矩阵(Positional Weight Matrix)在B.pumilus全基因组的基因上游区域扫描motif的方式来验证候选转录调控网络；最后再整合其他B.pumilus专属的调控数据,最终形成一个较完备的B.pumilus基因转录调控网络(包含195个转录因子和1201个受控基因).上述结果表明,在细菌中,利用比较基因组学的方法,以一个被广泛研究的模式生物所积累的基因转录调控关系数据为基础,推测出亲缘关系较近的其他物种的基因调控网络,其结果是可靠的,为探索一些尚不具备大规模基因表达芯片数据的物种的基因调控网络提供了一种可行的方法.
為探討短小芽孢桿菌(Bacillus pumilus)的基因調控關繫,通過在其親緣關繫最近的模式菌——枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)中尋找同源轉錄因子及其調控基因的方式,預測齣B.pumilus的候選轉錄調控網絡；併利用轉錄因子綁定位點的位置權重矩陣(Positional Weight Matrix)在B.pumilus全基因組的基因上遊區域掃描motif的方式來驗證候選轉錄調控網絡；最後再整閤其他B.pumilus專屬的調控數據,最終形成一箇較完備的B.pumilus基因轉錄調控網絡(包含195箇轉錄因子和1201箇受控基因).上述結果錶明,在細菌中,利用比較基因組學的方法,以一箇被廣汎研究的模式生物所積纍的基因轉錄調控關繫數據為基礎,推測齣親緣關繫較近的其他物種的基因調控網絡,其結果是可靠的,為探索一些尚不具備大規模基因錶達芯片數據的物種的基因調控網絡提供瞭一種可行的方法.
위탐토단소아포간균(Bacillus pumilus)적기인조공관계,통과재기친연관계최근적모식균——고초아포간균(Bacillus subtilis)중심조동원전록인자급기조공기인적방식,예측출B.pumilus적후선전록조공망락；병이용전록인자방정위점적위치권중구진(Positional Weight Matrix)재B.pumilus전기인조적기인상유구역소묘motif적방식래험증후선전록조공망락；최후재정합기타B.pumilus전속적조공수거,최종형성일개교완비적B.pumilus기인전록조공망락(포함195개전록인자화1201개수공기인).상술결과표명,재세균중,이용비교기인조학적방법,이일개피엄범연구적모식생물소적루적기인전록조공관계수거위기출,추측출친연관계교근적기타물충적기인조공망락,기결과시가고적,위탐색일사상불구비대규모기인표체심편수거적물충적기인조공망락제공료일충가행적방법.
