遗传
遺傳
유전
HEREDITAS(BEIJING)
2012年
1期
50-58
,共9页
尼桂琰%张哲%姜力%马裴裴%张勤%丁向东
尼桂琰%張哲%薑力%馬裴裴%張勤%丁嚮東
니계염%장철%강력%마배배%장근%정향동
中国荷斯坦牛%有效群体%连锁不平衡
中國荷斯坦牛%有效群體%連鎖不平衡
중국하사탄우%유효군체%련쇄불평형
有效群体大小是群体遗传学研究的一个重要内容,有助于我们更清楚地了解群体的遗传变异、进化和复杂性状的遗传机制等.随着高密度SNP标记的出现,越来越多的研究利用SNP标记间连锁不平衡估计有效群体大小.文章采集北京地区中国荷斯坦牛2 093个样本,并利用牛SNP芯片(Illumina BovineSNP50,含5 4001SNPs)进行基因型测定,估计不同世代中国荷斯坦牛的有效群体大小.质量控制标准设定为SNP检出率0.95,最小等位基因频率＞0.05,样本检出率0.95,哈代温伯格平衡检验显著性水平P＜0.0001.经过质量控制,共1 968个样本和38 796个SNPs用于连锁不平衡分析.文章选取SNP间距0.1、0.2、0.5、1、2、5、10、15 (Mb),估计中国荷斯坦牛在4世代之前有效群体大小.结果表明,中国荷斯坦牛的有效群体呈逐代下降趋势,至4世代前,中国荷斯坦牛平均有效群体为45头左右.
有效群體大小是群體遺傳學研究的一箇重要內容,有助于我們更清楚地瞭解群體的遺傳變異、進化和複雜性狀的遺傳機製等.隨著高密度SNP標記的齣現,越來越多的研究利用SNP標記間連鎖不平衡估計有效群體大小.文章採集北京地區中國荷斯坦牛2 093箇樣本,併利用牛SNP芯片(Illumina BovineSNP50,含5 4001SNPs)進行基因型測定,估計不同世代中國荷斯坦牛的有效群體大小.質量控製標準設定為SNP檢齣率0.95,最小等位基因頻率＞0.05,樣本檢齣率0.95,哈代溫伯格平衡檢驗顯著性水平P＜0.0001.經過質量控製,共1 968箇樣本和38 796箇SNPs用于連鎖不平衡分析.文章選取SNP間距0.1、0.2、0.5、1、2、5、10、15 (Mb),估計中國荷斯坦牛在4世代之前有效群體大小.結果錶明,中國荷斯坦牛的有效群體呈逐代下降趨勢,至4世代前,中國荷斯坦牛平均有效群體為45頭左右.
유효군체대소시군체유전학연구적일개중요내용,유조우아문경청초지료해군체적유전변이、진화화복잡성상적유전궤제등.수착고밀도SNP표기적출현,월래월다적연구이용SNP표기간련쇄불평형고계유효군체대소.문장채집북경지구중국하사탄우2 093개양본,병이용우SNP심편(Illumina BovineSNP50,함5 4001SNPs)진행기인형측정,고계불동세대중국하사탄우적유효군체대소.질량공제표준설정위SNP검출솔0.95,최소등위기인빈솔＞0.05,양본검출솔0.95,합대온백격평형검험현저성수평P＜0.0001.경과질량공제,공1 968개양본화38 796개SNPs용우련쇄불평형분석.문장선취SNP간거0.1、0.2、0.5、1、2、5、10、15 (Mb),고계중국하사탄우재4세대지전유효군체대소.결과표명,중국하사탄우적유효군체정축대하강추세,지4세대전,중국하사탄우평균유효군체위45두좌우.
