中国农业科学
中國農業科學
중국농업과학
SCIENTIA AGRICULTURA SINICA
2007年
1期
196-203
,共8页
余东亮%汪旭升%徐飞%傅衍
餘東亮%汪旭升%徐飛%傅衍
여동량%왕욱승%서비%부연
家蚕(Bombyx mori)%Box C/D snoRNA%甲基化%计算机预测%非编码RNA
傢蠶(Bombyx mori)%Box C/D snoRNA%甲基化%計算機預測%非編碼RNA
가잠(Bombyx mori)%Box C/D snoRNA%갑기화%계산궤예측%비편마RNA
[目的]探索生物信息方法在家蚕基因组 snoRNA 预测中的应用,了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征.[方法]利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中Box C/D snoRNA 进行预测和手工校正.[结果]获到家蚕基因组中的 70 个 snoRNA 和 56 个推测的甲基化位点.结构分析发现 D′box 和末端茎环结构的不保守性;分析 snoRNA 在基因组上的分布,未发现普遍的成簇分布的现象,且内含子和基因间隔区的 snoRNA 数目接近;预测得到的家蚕 Box C/D snoRNA 与已报道果蝇 Box C/D snoRNA进行相似性分析,表明两个物种的 Box C/D snoRNAs 在一级结构上存在较大的差异.[结论]基于结构特征预测的方法有利于逐步揭示家蚕基因组中存在的 snoRNA 信息;但与家蚕同源关系较近的物种,其 snoRNA 在序列上可能有较大变化,故可能不适合以序列同源来对其进行预测.
[目的]探索生物信息方法在傢蠶基因組 snoRNA 預測中的應用,瞭解snoRNA在傢蠶基因組的分佈和結構特徵.[方法]利用已有和自行設計的生物信息工具對傢蠶基因組中Box C/D snoRNA 進行預測和手工校正.[結果]穫到傢蠶基因組中的 70 箇 snoRNA 和 56 箇推測的甲基化位點.結構分析髮現 D′box 和末耑莖環結構的不保守性;分析 snoRNA 在基因組上的分佈,未髮現普遍的成簇分佈的現象,且內含子和基因間隔區的 snoRNA 數目接近;預測得到的傢蠶 Box C/D snoRNA 與已報道果蠅 Box C/D snoRNA進行相似性分析,錶明兩箇物種的 Box C/D snoRNAs 在一級結構上存在較大的差異.[結論]基于結構特徵預測的方法有利于逐步揭示傢蠶基因組中存在的 snoRNA 信息;但與傢蠶同源關繫較近的物種,其 snoRNA 在序列上可能有較大變化,故可能不適閤以序列同源來對其進行預測.
[목적]탐색생물신식방법재가잠기인조 snoRNA 예측중적응용,료해snoRNA재가잠기인조적분포화결구특정.[방법]이용이유화자행설계적생물신식공구대가잠기인조중Box C/D snoRNA 진행예측화수공교정.[결과]획도가잠기인조중적 70 개 snoRNA 화 56 개추측적갑기화위점.결구분석발현 D′box 화말단경배결구적불보수성;분석 snoRNA 재기인조상적분포,미발현보편적성족분포적현상,차내함자화기인간격구적 snoRNA 수목접근;예측득도적가잠 Box C/D snoRNA 여이보도과승 Box C/D snoRNA진행상사성분석,표명량개물충적 Box C/D snoRNAs 재일급결구상존재교대적차이.[결론]기우결구특정예측적방법유리우축보게시가잠기인조중존재적 snoRNA 신식;단여가잠동원관계교근적물충,기 snoRNA 재서렬상가능유교대변화,고가능불괄합이서렬동원래대기진행예측.
