厦门大学学报（自然科学版）
廈門大學學報（自然科學版）
하문대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF XIAMEN UNIVERSITY (NATURAL SCIENCE)
2012年
1期
139-143
,共5页
LSGAP%GO注释%基因功能%生物信息学
LSGAP%GO註釋%基因功能%生物信息學
LSGAP%GO주석%기인공능%생물신식학
随着新一代测序技术的不断发展,海量的序列数据将为生物学研究者挖掘基因信息提供巨大的资源.信息挖掘的一项重要工作是对序列进行功能注释,其中最重要的功能注释方式是基因本体论( Gene Ontology,GO)的注释.利用生物信息学方法和软件工具集成了针对EST序列的大规模GO注释流程(large-scale GO annotation pipeline,LSGAP).该流程集合了BLAST、B2g4pipe以及Wego等软件和Swissprot、Nr或Interpro等常用蛋白数据库.用户可以将EST序列通过此流程最终获得可视化的GO分类统计图表,直观地显示基因在不同过程中的参与情况.为了验证LSGAP的准确性,对2007年发表的美洲牡蛎(Crassostrea Virginica)的EST序列进行了LSGAP分析,结果表明GO分析非常准确有效.通过与Blast2go和GoBlast等GO注释软件进行比较,LSGAP流程具有可以本地化运行BLAST、对硬件要求低和运行时间短等诸多优势,因此LSGAP流程是科研人员进行基因功能挖掘的有效工具.
隨著新一代測序技術的不斷髮展,海量的序列數據將為生物學研究者挖掘基因信息提供巨大的資源.信息挖掘的一項重要工作是對序列進行功能註釋,其中最重要的功能註釋方式是基因本體論( Gene Ontology,GO)的註釋.利用生物信息學方法和軟件工具集成瞭針對EST序列的大規模GO註釋流程(large-scale GO annotation pipeline,LSGAP).該流程集閤瞭BLAST、B2g4pipe以及Wego等軟件和Swissprot、Nr或Interpro等常用蛋白數據庫.用戶可以將EST序列通過此流程最終穫得可視化的GO分類統計圖錶,直觀地顯示基因在不同過程中的參與情況.為瞭驗證LSGAP的準確性,對2007年髮錶的美洲牡蠣(Crassostrea Virginica)的EST序列進行瞭LSGAP分析,結果錶明GO分析非常準確有效.通過與Blast2go和GoBlast等GO註釋軟件進行比較,LSGAP流程具有可以本地化運行BLAST、對硬件要求低和運行時間短等諸多優勢,因此LSGAP流程是科研人員進行基因功能挖掘的有效工具.
수착신일대측서기술적불단발전,해량적서렬수거장위생물학연구자알굴기인신식제공거대적자원.신식알굴적일항중요공작시대서렬진행공능주석,기중최중요적공능주석방식시기인본체론( Gene Ontology,GO)적주석.이용생물신식학방법화연건공구집성료침대EST서렬적대규모GO주석류정(large-scale GO annotation pipeline,LSGAP).해류정집합료BLAST、B2g4pipe이급Wego등연건화Swissprot、Nr혹Interpro등상용단백수거고.용호가이장EST서렬통과차류정최종획득가시화적GO분류통계도표,직관지현시기인재불동과정중적삼여정황.위료험증LSGAP적준학성,대2007년발표적미주모려(Crassostrea Virginica)적EST서렬진행료LSGAP분석,결과표명GO분석비상준학유효.통과여Blast2go화GoBlast등GO주석연건진행비교,LSGAP류정구유가이본지화운행BLAST、대경건요구저화운행시간단등제다우세,인차LSGAP류정시과연인원진행기인공능알굴적유효공구.
