山东师范大学学报（自然科学版）
山東師範大學學報（自然科學版）
산동사범대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF SHANGOND NORMAL UNIVERSITY(NATURAL SCIENCE)
2010年
2期
40-43
,共4页
HIV-1蛋白酶%抑制剂%分子动力学%MM-PBSA%结合自由能
HIV-1蛋白酶%抑製劑%分子動力學%MM-PBSA%結閤自由能
HIV-1단백매%억제제%분자동역학%MM-PBSA%결합자유능
HIV-1蛋白酶(PR)是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.笔者采用分子动力学模拟,运用MM-PBSA方法计算了PR与抑制剂BEB复合物的绝对结合自由能;运用能量分解的方法考察了PR的主要残基与BEB间的相互作用与识别,结果表明:残基GLY27、 ALA28/ALA28'、 GLY49、 ILE50/ ILE50'和ILE84/ ILE84'为PR与BEB的结合自由能提供了主要贡献.抑制剂BEB骨架上的OH基和NH基与残基ASP25/ASP25'、ASP29和GLY27之间的氢键相互作用有利于复合物的稳定.计算结果与实验值吻合较好.
HIV-1蛋白酶(PR)是治療艾滋病的重要靶標酶之一.筆者採用分子動力學模擬,運用MM-PBSA方法計算瞭PR與抑製劑BEB複閤物的絕對結閤自由能;運用能量分解的方法攷察瞭PR的主要殘基與BEB間的相互作用與識彆,結果錶明:殘基GLY27、 ALA28/ALA28'、 GLY49、 ILE50/ ILE50'和ILE84/ ILE84'為PR與BEB的結閤自由能提供瞭主要貢獻.抑製劑BEB骨架上的OH基和NH基與殘基ASP25/ASP25'、ASP29和GLY27之間的氫鍵相互作用有利于複閤物的穩定.計算結果與實驗值吻閤較好.
HIV-1단백매(PR)시치료애자병적중요파표매지일.필자채용분자동역학모의,운용MM-PBSA방법계산료PR여억제제BEB복합물적절대결합자유능;운용능량분해적방법고찰료PR적주요잔기여BEB간적상호작용여식별,결과표명:잔기GLY27、 ALA28/ALA28'、 GLY49、 ILE50/ ILE50'화ILE84/ ILE84'위PR여BEB적결합자유능제공료주요공헌.억제제BEB골가상적OH기화NH기여잔기ASP25/ASP25'、ASP29화GLY27지간적경건상호작용유리우복합물적은정.계산결과여실험치문합교호.
