广东畜牧兽医科技
廣東畜牧獸醫科技
엄동축목수의과기
GUANDONG JOURNAL OF ANIMAL AND VETERINARY SCIENCE
2010年
5期
35-41
,共7页
猪圆环病毒2型%ORF1基因%系统发育分析%选择压力分析
豬圓環病毒2型%ORF1基因%繫統髮育分析%選擇壓力分析
저원배병독2형%ORF1기인%계통발육분석%선택압력분석
本研究利用脚本语言编写一系列程序流程,成功对猪圆环病毒2型(PCV2)OR目的Genbank数据进行快速整理和信息挖掘.同时,引入MUSCLE、MrBayes和PAML等生物信息学工具对经过整理的PCV2 OR目的Genbank数据进行深度的分析,快速进行序列比对并获得了高解析度的BMCMC系统发育树,再以该BMCMC系统发育树为基础数据进行基因选择压力的分析.结果表明,中国的猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1可分为三群,其中两群可能存在明显的祖先,另一群则可能经过多次从不同地方传入中国.另外,应用位点模型和分支位点模型(以不同的选择压力模型将不同群各设为背景)对PCV2 ORF1进行分析,没有发现各个分支上有明显处于正选择压力下的位点,PCV2的ORF1基因在进化上相当保守,所有位点的dN/dS值均小于等于1(P>95%),提示该基因没有处于明显的选择压力之下,所有位点的突变均为中性选择位点或净化选择位点.该结果首次从选择压力分析的角度说明ORF1基因为功能保守的基因,为以后筛选PCV2毒株制备抗ORF1蛋白的单克隆抗体提供了理论依据.
本研究利用腳本語言編寫一繫列程序流程,成功對豬圓環病毒2型(PCV2)OR目的Genbank數據進行快速整理和信息挖掘.同時,引入MUSCLE、MrBayes和PAML等生物信息學工具對經過整理的PCV2 OR目的Genbank數據進行深度的分析,快速進行序列比對併穫得瞭高解析度的BMCMC繫統髮育樹,再以該BMCMC繫統髮育樹為基礎數據進行基因選擇壓力的分析.結果錶明,中國的豬圓環病毒2型(PCV2)ORF1可分為三群,其中兩群可能存在明顯的祖先,另一群則可能經過多次從不同地方傳入中國.另外,應用位點模型和分支位點模型(以不同的選擇壓力模型將不同群各設為揹景)對PCV2 ORF1進行分析,沒有髮現各箇分支上有明顯處于正選擇壓力下的位點,PCV2的ORF1基因在進化上相噹保守,所有位點的dN/dS值均小于等于1(P>95%),提示該基因沒有處于明顯的選擇壓力之下,所有位點的突變均為中性選擇位點或淨化選擇位點.該結果首次從選擇壓力分析的角度說明ORF1基因為功能保守的基因,為以後篩選PCV2毒株製備抗ORF1蛋白的單剋隆抗體提供瞭理論依據.
본연구이용각본어언편사일계렬정서류정,성공대저원배병독2형(PCV2)OR목적Genbank수거진행쾌속정리화신식알굴.동시,인입MUSCLE、MrBayes화PAML등생물신식학공구대경과정리적PCV2 OR목적Genbank수거진행심도적분석,쾌속진행서렬비대병획득료고해석도적BMCMC계통발육수,재이해BMCMC계통발육수위기출수거진행기인선택압력적분석.결과표명,중국적저원배병독2형(PCV2)ORF1가분위삼군,기중량군가능존재명현적조선,령일군칙가능경과다차종불동지방전입중국.령외,응용위점모형화분지위점모형(이불동적선택압력모형장불동군각설위배경)대PCV2 ORF1진행분석,몰유발현각개분지상유명현처우정선택압력하적위점,PCV2적ORF1기인재진화상상당보수,소유위점적dN/dS치균소우등우1(P>95%),제시해기인몰유처우명현적선택압력지하,소유위점적돌변균위중성선택위점혹정화선택위점.해결과수차종선택압력분석적각도설명ORF1기인위공능보수적기인,위이후사선PCV2독주제비항ORF1단백적단극륭항체제공료이론의거.
