华南农业大学学报
華南農業大學學報
화남농업대학학보
JOURNAL OF SOUTH CHINA AGRICULTURAL UNIVERSITY
2009年
4期
43-47
,共5页
粳稻%MYB蛋白%基因家族%功能域%进化分析
粳稻%MYB蛋白%基因傢族%功能域%進化分析
갱도%MYB단백%기인가족%공능역%진화분석
运用隐马尔柯夫模型(Hidden Markov model,HMM),对粳稻Oryza sativa L. ssp. japonica的蛋白质数据库进行搜索,共找到192个MYB蛋白同源序列,其中有126个R2R3-MYB蛋白,6个R1R2R3-MYB蛋白以及60个MYB相关蛋白(MYB-related protein).进一步分析所有粳稻的MYB蛋白基因在染色体上的分布,结果发现,MYB基因基本上是成簇分布的,在染色体1～8号特别明显.运用基于EM(Expectation maximization)算法的MEME程序,对MYB蛋白的功能域进行多序列比对分析,确定了R1、R2与R3结构域在每个位置上最大可能氨基酸的频率.此外,还对水稻中的MYB蛋白家族作了初步的进化分析.
運用隱馬爾柯伕模型(Hidden Markov model,HMM),對粳稻Oryza sativa L. ssp. japonica的蛋白質數據庫進行搜索,共找到192箇MYB蛋白同源序列,其中有126箇R2R3-MYB蛋白,6箇R1R2R3-MYB蛋白以及60箇MYB相關蛋白(MYB-related protein).進一步分析所有粳稻的MYB蛋白基因在染色體上的分佈,結果髮現,MYB基因基本上是成簇分佈的,在染色體1～8號特彆明顯.運用基于EM(Expectation maximization)算法的MEME程序,對MYB蛋白的功能域進行多序列比對分析,確定瞭R1、R2與R3結構域在每箇位置上最大可能氨基痠的頻率.此外,還對水稻中的MYB蛋白傢族作瞭初步的進化分析.
운용은마이가부모형(Hidden Markov model,HMM),대갱도Oryza sativa L. ssp. japonica적단백질수거고진행수색,공조도192개MYB단백동원서렬,기중유126개R2R3-MYB단백,6개R1R2R3-MYB단백이급60개MYB상관단백(MYB-related protein).진일보분석소유갱도적MYB단백기인재염색체상적분포,결과발현,MYB기인기본상시성족분포적,재염색체1～8호특별명현.운용기우EM(Expectation maximization)산법적MEME정서,대MYB단백적공능역진행다서렬비대분석,학정료R1、R2여R3결구역재매개위치상최대가능안기산적빈솔.차외,환대수도중적MYB단백가족작료초보적진화분석.
