计算机研究与发展
計算機研究與髮展
계산궤연구여발전
JOURNAL OF COMPUTER RESEARCH AND DEVELOPMENT
2005年
6期
1047-1052
,共6页
郎显宇%牛北方%沈斌%陆忠华%迟学斌
郎顯宇%牛北方%瀋斌%陸忠華%遲學斌
랑현우%우북방%침빈%륙충화%지학빈
相似性指标函数%全局优化%叠合%"均匀设计"
相似性指標函數%全跼優化%疊閤%"均勻設計"
상사성지표함수%전국우화%첩합%"균균설계"
分子空间结构相似性比较的指标函数可以定量地描述两个分子空间结构相似性大小,但难题在于如何确定分子初始相对位置,以保证得到全局最优叠合.由于以往都是利用程序随机生成初始相对位置,所以没有规则也不确定.为保证得到全局最优叠合,需要大量的初始相对位置优化计算.利用"均匀设计"的实验设计手段,在空间规则地筛选部署分子初始相对位置,使其具有代表性和均匀分布性,这样只需少数确定数目的初始相对位置,便可以稳定地得到指标函数的全局最优解.而后利用并行处理方法,把初始相对位置集合部署在Np个处理器上同时工作,大幅度地减少了运行时间,并输出与串行执行相同的运算结果.
分子空間結構相似性比較的指標函數可以定量地描述兩箇分子空間結構相似性大小,但難題在于如何確定分子初始相對位置,以保證得到全跼最優疊閤.由于以往都是利用程序隨機生成初始相對位置,所以沒有規則也不確定.為保證得到全跼最優疊閤,需要大量的初始相對位置優化計算.利用"均勻設計"的實驗設計手段,在空間規則地篩選部署分子初始相對位置,使其具有代錶性和均勻分佈性,這樣隻需少數確定數目的初始相對位置,便可以穩定地得到指標函數的全跼最優解.而後利用併行處理方法,把初始相對位置集閤部署在Np箇處理器上同時工作,大幅度地減少瞭運行時間,併輸齣與串行執行相同的運算結果.
분자공간결구상사성비교적지표함수가이정량지묘술량개분자공간결구상사성대소,단난제재우여하학정분자초시상대위치,이보증득도전국최우첩합.유우이왕도시이용정서수궤생성초시상대위치,소이몰유규칙야불학정.위보증득도전국최우첩합,수요대량적초시상대위치우화계산.이용"균균설계"적실험설계수단,재공간규칙지사선부서분자초시상대위치,사기구유대표성화균균분포성,저양지수소수학정수목적초시상대위치,편가이은정지득도지표함수적전국최우해.이후이용병행처리방법,파초시상대위치집합부서재Np개처리기상동시공작,대폭도지감소료운행시간,병수출여천행집행상동적운산결과.
