诺如病毒广州株全基因组序列测定及分析
낙여병독엄주주전기인조서렬측정급분석
The complete genomic sequence analysis of human Norovirus NVgz01 strain in Guangzhou
  • 万方数据
    中华微生物学和免疫学杂志 중화미생물학화면역학잡지
    CHINESE JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY
    2007年 4期 332-336 ,共5页

    曾其毅%钟家禹%李潇%苏嬿莉%朱冰%陈翊%林涛%肖密丝%盛慧英%周荣%龚四堂

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    诺如病毒%基因组%序列分析%同源重组 諾如病毒%基因組%序列分析%同源重組
    낙여병독%기인조%서렬분석%동원중조
    目的 探讨广州地区儿童感染的诺如病毒基因组分子结构特点和基因组类型.方法 参考GenBank上的诺如病毒MD145-12基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增诺如病毒基因组,克隆于T载体上,测定序列,用Clustal W/X、DNAStar、RAT(recombination analysis tool)等软件分析基因组序列.结果 诺如病毒NVgz01全基因组为7558 bp,提交到GenBank上的序列号为DQ369797,3'端非编码区末端长45 bp,病毒基因组有3个开放阅读框(ORF),ORF1长5100 bp(5～5104 nt),0RF2基因长1623 bp,位于基因组中5085～6707 nt之间,ORF3基因长807 bp(6707-7513 nt),其中ORF1、ORF2两基因有19个核苷酸的重叠区;NVgz01全基因组核苷酸序列与GenBank上诺如GⅠ组Norwalk68、Southampto、BS5、Chiba、WUG1的同源相似性在43%～44%之间,与GⅡ组MD145、Farmington Hills、B4S5、Hawaii、Lordsdale、SaitamaU1、Mc37同源相似性在76%-90%之间.NVgz01的ORF1与Mc37核苷酸序列同源性为94%,但ORF2与Mc37的同源性只有65%;NVgz01的ORF2与Farmington Hills(AY502023)同源性为最高(94%),ORF1的同源性为88%.结论 广州地区儿童腹泻感染的诺如病毒NVgz01株全基因组序列为7558 bp,GenBank序列号为DQ369797,NVgz01与诺如病毒的GⅡ组同源性较高,确认NVgz01株属于诺如病毒GⅡ组;根据ORF1、ORF2的同源性差异和RAT程序分析初步认为NVgz01可能是重组病毒.
    목적 탐토엄주지구인동감염적낙여병독기인조분자결구특점화기인조류형.방법 삼고GenBank상적낙여병독MD145-12기인조설계분단확증인물,진행RT-PCR분단확증낙여병독기인조,극륭우T재체상,측정서렬,용Clustal W/X、DNAStar、RAT(recombination analysis tool)등연건분석기인조서렬.결과 낙여병독NVgz01전기인조위7558 bp,제교도GenBank상적서렬호위DQ369797,3'단비편마구말단장45 bp,병독기인조유3개개방열독광(ORF),ORF1장5100 bp(5～5104 nt),0RF2기인장1623 bp,위우기인조중5085～6707 nt지간,ORF3기인장807 bp(6707-7513 nt),기중ORF1、ORF2량기인유19개핵감산적중첩구;NVgz01전기인조핵감산서렬여GenBank상낙여GⅠ조Norwalk68、Southampto、BS5、Chiba、WUG1적동원상사성재43%～44%지간,여GⅡ조MD145、Farmington Hills、B4S5、Hawaii、Lordsdale、SaitamaU1、Mc37동원상사성재76%-90%지간.NVgz01적ORF1여Mc37핵감산서렬동원성위94%,단ORF2여Mc37적동원성지유65%;NVgz01적ORF2여Farmington Hills(AY502023)동원성위최고(94%),ORF1적동원성위88%.결론 엄주지구인동복사감염적낙여병독NVgz01주전기인조서렬위7558 bp,GenBank서렬호위DQ369797,NVgz01여낙여병독적GⅡ조동원성교고,학인NVgz01주속우낙여병독GⅡ조;근거ORF1、ORF2적동원성차이화RAT정서분석초보인위NVgz01가능시중조병독.
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