SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测
SARS-CoV(BJ01)기인예측급공능추측
Gene Prediction and Function Research of SARS-CoV(BJ01)
  • 万方数据
    遗传学报 유전학보
    ACTA GENETICA SINICA
    2003年 8期 773-780 ,共8页

    陈廷贵%吴松锋%万平%杜春娟%荔建琦%李栋%魏广智%李滨%王中胜%薛晓芳%朱云平%贺福初

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    通过对有关SARS-CoV文献的调研,指出了有关基因预测和功能研究的不足.为制备有效的药物和疫苗,对SARS-CoV(BJ01)重新进行了基因预测和功能推测.比较12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣,选用Heuristic models、Gene Identification、ZCURVECoV和ORF FINDER 4种较好的方法来预测基因,然后运用ATGpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则,同时搜索转录调控序列,以提高基因预测的准确性.共预测出34个ORF,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的13个,得到21个大于50个氨基酸的可能新基因.对于预测出的蛋白质,运用ProtParam分析它们的物理化学特征,用SignalP分析蛋白是否有信号肽,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体,以提高基因功能推测的可靠性.根据4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别,将21个可能的新基因按出现可能性分为4类.同时对结果进行了讨论.
    통과대유관SARS-CoV문헌적조연,지출료유관기인예측화공능연구적불족.위제비유효적약물화역묘,대SARS-CoV(BJ01)중신진행료기인예측화공능추측.비교12충기인예측방법대관상병독속중이지기인적예측우렬,선용Heuristic models、Gene Identification、ZCURVECoV화ORF FINDER 4충교호적방법래예측기인,연후운용ATGpr분석제일기시밀마자적가능성급시부부합Kozak규칙,동시수색전록조공서렬,이제고기인예측적준학성.공예측출34개ORF,배제NCBI급유관문헌중완전상동혹유미약차별적13개,득도21개대우50개안기산적가능신기인.대우예측출적단백질,운용ProtParam분석타문적물이화학특정,용SignalP분석단백시부유신호태,용BLAST、FASTA분석시부유상사서렬,용TMPred、TMHMM、PFAM화HMMTOP분석결구역혹모체,이제고기인공능추측적가고성.근거4충기인예측방법사용정황、여기타관상병독속이지기인필배분치、필배예기치、이지기인여예측기인장도차별,장21개가능적신기인안출현가능성분위4류.동시대결과진행료토론.
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