军事医学
軍事醫學
군사의학
BULLETIN OF THE ACADEMY OF MILITARY MEDICAL SCIENCES
2012年
7期
556-560
,共5页
刘阳%王小磊%李江域%毛逸清%赵东升
劉暘%王小磊%李江域%毛逸清%趙東升
류양%왕소뢰%리강역%모일청%조동승
序列比对%并行计算%云计算%Hadoop%GPU计算
序列比對%併行計算%雲計算%Hadoop%GPU計算
서렬비대%병행계산%운계산%Hadoop%GPU계산
随着新一代测序技术的发展,传统的序列比对工具已无法满足测序产生的海量生物学数据分析处理的需求,研究如何利用最新的计算技术加速序列比对过程具有十分重要的意义.本文回顾了常用的局部序列比对算法,介绍了基于并行计算原理的序列比对算法的加速优化策略和主要进展,详细说明了如何利用最新的图形处理器(GPU)计算技术实现高性能的BLAST(basic local alignment search tool)比对算法.最后,结合实际需求,提出和讨论了综合利用云计算和GPU 计算实现高性能、高能效的序列比对平台的研究思路.
隨著新一代測序技術的髮展,傳統的序列比對工具已無法滿足測序產生的海量生物學數據分析處理的需求,研究如何利用最新的計算技術加速序列比對過程具有十分重要的意義.本文迴顧瞭常用的跼部序列比對算法,介紹瞭基于併行計算原理的序列比對算法的加速優化策略和主要進展,詳細說明瞭如何利用最新的圖形處理器(GPU)計算技術實現高性能的BLAST(basic local alignment search tool)比對算法.最後,結閤實際需求,提齣和討論瞭綜閤利用雲計算和GPU 計算實現高性能、高能效的序列比對平檯的研究思路.
수착신일대측서기술적발전,전통적서렬비대공구이무법만족측서산생적해량생물학수거분석처리적수구,연구여하이용최신적계산기술가속서렬비대과정구유십분중요적의의.본문회고료상용적국부서렬비대산법,개소료기우병행계산원리적서렬비대산법적가속우화책략화주요진전,상세설명료여하이용최신적도형처리기(GPU)계산기술실현고성능적BLAST(basic local alignment search tool)비대산법.최후,결합실제수구,제출화토론료종합이용운계산화GPU 계산실현고성능、고능효적서렬비대평태적연구사로.
