计算机工程
計算機工程
계산궤공정
COMPUTER ENGINEERING
2009年
20期
4-6
,共3页
牛北方%张西广%刘涛%郎显宇%陆忠华%迟学斌
牛北方%張西廣%劉濤%郎顯宇%陸忠華%遲學斌
우북방%장서엄%류도%랑현우%륙충화%지학빈
序列比对%组装%新测序技术
序列比對%組裝%新測序技術
서렬비대%조장%신측서기술
针对新型超高通量测序仪Solexa测序仪所产生的测序片段read的比对与组装问题,提出一种短序列比对与组装算法SRMA,采用对参考序列进行hash的方法,将测序片段read分3段快速、准确地定位于参考序列,对不能定位的read采取从头(De novo)组装的方法进行组装.测试结果表明SRMA算法具有较高的性能和敏感度,以及良好的应用前景.
針對新型超高通量測序儀Solexa測序儀所產生的測序片段read的比對與組裝問題,提齣一種短序列比對與組裝算法SRMA,採用對參攷序列進行hash的方法,將測序片段read分3段快速、準確地定位于參攷序列,對不能定位的read採取從頭(De novo)組裝的方法進行組裝.測試結果錶明SRMA算法具有較高的性能和敏感度,以及良好的應用前景.
침대신형초고통량측서의Solexa측서의소산생적측서편단read적비대여조장문제,제출일충단서렬비대여조장산법SRMA,채용대삼고서렬진행hash적방법,장측서편단read분3단쾌속、준학지정위우삼고서렬,대불능정위적read채취종두(De novo)조장적방법진행조장.측시결과표명SRMA산법구유교고적성능화민감도,이급량호적응용전경.
