面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究
면향FPGA적RNA이급결구예측병행산법연구
FPGA-Oriented Fine-Grained Algorithm for RNA Secondary Structure Prediction
  • 万方数据
    计算机学报 계산궤학보
    CHINESE JOURNAL OF COMPUTERS
    2006年 2期 233-238 ,共6页

    徐琳%李晓民%谭光明%刘新春%卜东波%冯圣中%孙凝晖

    서림%리효민%담광명%류신춘%복동파%풍골중%손응휘

    RNA%二级结构预测%FPGA%并行%流水 RNA%二級結構預測%FPGA%併行%流水
    RNA%이급결구예측%FPGA%병행%류수
    动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空泡率、存储访问带宽等问题的模拟结果,确定了FPGA PE阵列设计中的基本参数,为FPGA成功实现奠定了基础.
    동태규화시RNA이급결구예측최주요적산법,문중제출일충대동태규화구진채용분괴기술적세립도병행산법,통과대수거의뢰관계적분석,인입료류수적책략,제고료산법적효솔.재시종모의기상험증료산법적정학성,획득료일계렬관우병행가속비、공포솔、존저방문대관등문제적모의결과,학정료FPGA PE진렬설계중적기본삼수,위FPGA성공실현전정료기출.
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