中国生物医学工程学报
中國生物醫學工程學報
중국생물의학공정학보
CHINESE JOURNAL OF BIOMEDICAL ENGINEERING
2011年
6期
807-812
,共6页
王志刚%陈鑫%谢丽芳%杨啸林%张正国
王誌剛%陳鑫%謝麗芳%楊嘯林%張正國
왕지강%진흠%사려방%양소림%장정국
药物发现%功能模式%相似度%聚类
藥物髮現%功能模式%相似度%聚類
약물발현%공능모식%상사도%취류
对现有已知药物的功能模式进行分析,可以帮助发现其可能的新应用,指导联合用药或预测药物的未知毒副作用.提出将药物化学结构信息和GO注释信息结合,分析药物功能模式相似度.药物化学结构和GO注释信息下载自DrugBank数据库,其中GO注释信息包括生物过程、分子功能和细胞定位等3个分支.计算现有4886种药物的功能模式相似度,并对其进行聚类分析.基于Tanimoto系数计算药物化学结构相似度,基于语义分析计算药物GO注释中3个分支的相似度.分别使用Logistic回归、算术均值、几何均值将上述4个药物相似度结合,得到反映多方信息的复合相似度.将一种药物与所有其他药物的相似度向量作为该药物的特征谱,对药物进行层次聚类.使用药物解剖学、治疗学及化学分类( ATC)的标准评价不同的相似度和聚类结果.结果显示:药物化学结构相似度与基于GO的3个分支的相似度均线性相关,表明药物的结构信息能在一定程度上反映功能信息;Logistic回归复合相似度能够很好地反映两个药物是否属于同一个ATC分类;基于GO注释生物过程分支语义相似度和几何均数复合相似度聚类结果与ATC分类第一层次强关联.所提出的方法结果可靠,可望用于辅助药物发现和预测不良反应.
對現有已知藥物的功能模式進行分析,可以幫助髮現其可能的新應用,指導聯閤用藥或預測藥物的未知毒副作用.提齣將藥物化學結構信息和GO註釋信息結閤,分析藥物功能模式相似度.藥物化學結構和GO註釋信息下載自DrugBank數據庫,其中GO註釋信息包括生物過程、分子功能和細胞定位等3箇分支.計算現有4886種藥物的功能模式相似度,併對其進行聚類分析.基于Tanimoto繫數計算藥物化學結構相似度,基于語義分析計算藥物GO註釋中3箇分支的相似度.分彆使用Logistic迴歸、算術均值、幾何均值將上述4箇藥物相似度結閤,得到反映多方信息的複閤相似度.將一種藥物與所有其他藥物的相似度嚮量作為該藥物的特徵譜,對藥物進行層次聚類.使用藥物解剖學、治療學及化學分類( ATC)的標準評價不同的相似度和聚類結果.結果顯示:藥物化學結構相似度與基于GO的3箇分支的相似度均線性相關,錶明藥物的結構信息能在一定程度上反映功能信息;Logistic迴歸複閤相似度能夠很好地反映兩箇藥物是否屬于同一箇ATC分類;基于GO註釋生物過程分支語義相似度和幾何均數複閤相似度聚類結果與ATC分類第一層次彊關聯.所提齣的方法結果可靠,可望用于輔助藥物髮現和預測不良反應.
대현유이지약물적공능모식진행분석,가이방조발현기가능적신응용,지도연합용약혹예측약물적미지독부작용.제출장약물화학결구신식화GO주석신식결합,분석약물공능모식상사도.약물화학결구화GO주석신식하재자DrugBank수거고,기중GO주석신식포괄생물과정、분자공능화세포정위등3개분지.계산현유4886충약물적공능모식상사도,병대기진행취류분석.기우Tanimoto계수계산약물화학결구상사도,기우어의분석계산약물GO주석중3개분지적상사도.분별사용Logistic회귀、산술균치、궤하균치장상술4개약물상사도결합,득도반영다방신식적복합상사도.장일충약물여소유기타약물적상사도향량작위해약물적특정보,대약물진행층차취류.사용약물해부학、치료학급화학분류( ATC)적표준평개불동적상사도화취류결과.결과현시:약물화학결구상사도여기우GO적3개분지적상사도균선성상관,표명약물적결구신식능재일정정도상반영공능신식;Logistic회귀복합상사도능구흔호지반영량개약물시부속우동일개ATC분류;기우GO주석생물과정분지어의상사도화궤하균수복합상사도취류결과여ATC분류제일층차강관련.소제출적방법결과가고,가망용우보조약물발현화예측불량반응.