园艺学报
園藝學報
완예학보
ACTA HORTICULTURAE SINICA
2008年
7期
1069-1074
,共6页
杨素丽%明军%刘春%穆鼎%李名扬
楊素麗%明軍%劉春%穆鼎%李名颺
양소려%명군%류춘%목정%리명양
百合%EST%SSR%引物设计
百閤%EST%SSR%引物設計
백합%EST%SSR%인물설계
依据已知的百合EST(expressed sequence tags)序列信息,开发新的SSR(simple sequence repeats)标记,在NCBI的EST数据库1 688条EST中检索到98条含有101个SSR的序列, SSR的检出率为5.98%,其中三核苷酸重复类型占主导地位,出现频率为2.84%.EST-SSR的重复基元共搜索到47种,其中三核苷酸重复基元类型最为丰富,大约占重复基元类型总数的一半.利用部分EST-SSRs序列共设计23对SSR引物,以铁炮百合'Snow Queen' DNA为模板,对引物进行筛选,其中18对引物有扩增产物,占所设计引物总数的78.26%;进一步用这些引物在5个杂种系列13个百合品种进行多态性测试,显示多态性的引物占可扩增引物的66.7%.本研究结果证明了基于百合EST信息建立SSR标记是一种有效而又可行的方法.
依據已知的百閤EST(expressed sequence tags)序列信息,開髮新的SSR(simple sequence repeats)標記,在NCBI的EST數據庫1 688條EST中檢索到98條含有101箇SSR的序列, SSR的檢齣率為5.98%,其中三覈苷痠重複類型佔主導地位,齣現頻率為2.84%.EST-SSR的重複基元共搜索到47種,其中三覈苷痠重複基元類型最為豐富,大約佔重複基元類型總數的一半.利用部分EST-SSRs序列共設計23對SSR引物,以鐵砲百閤'Snow Queen' DNA為模闆,對引物進行篩選,其中18對引物有擴增產物,佔所設計引物總數的78.26%;進一步用這些引物在5箇雜種繫列13箇百閤品種進行多態性測試,顯示多態性的引物佔可擴增引物的66.7%.本研究結果證明瞭基于百閤EST信息建立SSR標記是一種有效而又可行的方法.
의거이지적백합EST(expressed sequence tags)서렬신식,개발신적SSR(simple sequence repeats)표기,재NCBI적EST수거고1 688조EST중검색도98조함유101개SSR적서렬, SSR적검출솔위5.98%,기중삼핵감산중복류형점주도지위,출현빈솔위2.84%.EST-SSR적중복기원공수색도47충,기중삼핵감산중복기원류형최위봉부,대약점중복기원류형총수적일반.이용부분EST-SSRs서렬공설계23대SSR인물,이철포백합'Snow Queen' DNA위모판,대인물진행사선,기중18대인물유확증산물,점소설계인물총수적78.26%;진일보용저사인물재5개잡충계렬13개백합품충진행다태성측시,현시다태성적인물점가확증인물적66.7%.본연구결과증명료기우백합EST신식건립SSR표기시일충유효이우가행적방법.
