生物数学学报
生物數學學報
생물수학학보
JOURNAL OF BIOMATHEMATICS
2005年
3期
332-338
,共7页
赵立岭%王吉华%窦相华%苏希玉
趙立嶺%王吉華%竇相華%囌希玉
조립령%왕길화%두상화%소희옥
折叠速度%相对接触距%长接触距%总接触距%相关系数
摺疊速度%相對接觸距%長接觸距%總接觸距%相關繫數
절첩속도%상대접촉거%장접촉거%총접촉거%상관계수
以6种不同的方式来定义蛋白质内存在的接触,进而运用分子动力学模拟等不同方法,对10个小蛋白进行分析,研究了不同的接触定义及不同的拓扑参数计算方法下,蛋白质的折叠速度与其拓扑参数的关系.结果表明,用含主链重原子的方式定义接触,所计算的拓扑参数与蛋白质折叠速度的相关性较好;用含侧链原子的方式定义接触,得到的拓扑参数与β型蛋白质的折叠速度的相关性较好.对不同的蛋白质,其拓扑结构与相应折叠速度间的相关程度不同.
以6種不同的方式來定義蛋白質內存在的接觸,進而運用分子動力學模擬等不同方法,對10箇小蛋白進行分析,研究瞭不同的接觸定義及不同的拓撲參數計算方法下,蛋白質的摺疊速度與其拓撲參數的關繫.結果錶明,用含主鏈重原子的方式定義接觸,所計算的拓撲參數與蛋白質摺疊速度的相關性較好;用含側鏈原子的方式定義接觸,得到的拓撲參數與β型蛋白質的摺疊速度的相關性較好.對不同的蛋白質,其拓撲結構與相應摺疊速度間的相關程度不同.
이6충불동적방식래정의단백질내존재적접촉,진이운용분자동역학모의등불동방법,대10개소단백진행분석,연구료불동적접촉정의급불동적탁복삼수계산방법하,단백질적절첩속도여기탁복삼수적관계.결과표명,용함주련중원자적방식정의접촉,소계산적탁복삼수여단백질절첩속도적상관성교호;용함측련원자적방식정의접촉,득도적탁복삼수여β형단백질적절첩속도적상관성교호.대불동적단백질,기탁복결구여상응절첩속도간적상관정도불동.
