世界华人消化杂志
世界華人消化雜誌
세계화인소화잡지
WORLD CHINESE JOURNAL OF DIGESTOLOGY
2006年
12期
1156-1160
,共5页
Barrett食管%食管腺癌%表达谱
Barrett食管%食管腺癌%錶達譜
Barrett식관%식관선암%표체보
目的:研究Barrett食管(BE)和食管腺癌的基因表达谱,筛查与食管腺癌相关的基因.方法:使用Dchip软件对已经在GEO数据库中公开的BE和食管腺癌Affymetrix芯片表达谱数据进行分析.还原扫描图像进行独立核验,并对基因和组织进行双向聚类,最后用配对t检验筛查出在BE和食管腺癌中表达水平都发生变化的基因,并进一步分析其功能.结果:24张Affymetrix芯片的杂交质量稳定,被污染和发生交叉杂交的探针簇都少于5%.对基因和样本的双向聚类表明,大部分组织分类正确.只有N8和A5位于错误的组织类型中.对其余22张芯片再次分别进行配对t检验,得到24个基因.其中表达水平呈进行性上升的5个,呈进行性下降的19个.新检出的PITX1已在稍前不久的另一项研究中得到证实.结论:用新的分析方法研究已公开的表达谱芯片资料为研究肿瘤的发病机制提供了新的手段.
目的:研究Barrett食管(BE)和食管腺癌的基因錶達譜,篩查與食管腺癌相關的基因.方法:使用Dchip軟件對已經在GEO數據庫中公開的BE和食管腺癌Affymetrix芯片錶達譜數據進行分析.還原掃描圖像進行獨立覈驗,併對基因和組織進行雙嚮聚類,最後用配對t檢驗篩查齣在BE和食管腺癌中錶達水平都髮生變化的基因,併進一步分析其功能.結果:24張Affymetrix芯片的雜交質量穩定,被汙染和髮生交扠雜交的探針簇都少于5%.對基因和樣本的雙嚮聚類錶明,大部分組織分類正確.隻有N8和A5位于錯誤的組織類型中.對其餘22張芯片再次分彆進行配對t檢驗,得到24箇基因.其中錶達水平呈進行性上升的5箇,呈進行性下降的19箇.新檢齣的PITX1已在稍前不久的另一項研究中得到證實.結論:用新的分析方法研究已公開的錶達譜芯片資料為研究腫瘤的髮病機製提供瞭新的手段.
목적:연구Barrett식관(BE)화식관선암적기인표체보,사사여식관선암상관적기인.방법:사용Dchip연건대이경재GEO수거고중공개적BE화식관선암Affymetrix심편표체보수거진행분석.환원소묘도상진행독립핵험,병대기인화조직진행쌍향취류,최후용배대t검험사사출재BE화식관선암중표체수평도발생변화적기인,병진일보분석기공능.결과:24장Affymetrix심편적잡교질량은정,피오염화발생교차잡교적탐침족도소우5%.대기인화양본적쌍향취류표명,대부분조직분류정학.지유N8화A5위우착오적조직류형중.대기여22장심편재차분별진행배대t검험,득도24개기인.기중표체수평정진행성상승적5개,정진행성하강적19개.신검출적PITX1이재초전불구적령일항연구중득도증실.결론:용신적분석방법연구이공개적표체보심편자료위연구종류적발병궤제제공료신적수단.
