中国海洋大学学报(自然科学版)
中國海洋大學學報(自然科學版)
중국해양대학학보(자연과학판)
JOURNAL OF OCEAN UNIVERSITY OF CHINA
2009年
2期
265-270
,共6页
杨惠%茅云翔%孔凡娜%王莉%严兴洪
楊惠%茅雲翔%孔凡娜%王莉%嚴興洪
양혜%모운상%공범나%왕리%엄흥홍
坛紫菜%微卫星序列%EST-SSR%多样性分析
罈紫菜%微衛星序列%EST-SSR%多樣性分析
단자채%미위성서렬%EST-SSR%다양성분석
微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用.EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一, 本研究对坛紫菜EST数据库中6*!035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数45.95%;其次是两碱基重复,占总数的45.38%;再次是六碱基和五碱基,分别占总数的5.78%和2.02%;四碱基最少,仅占总数的0.87%.在两碱基中AG,GA,TC,CT类型数量最多,占所有两碱基SSR的82.8%;在三碱基中CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG类型数量最多,占所有三碱基SSR的52.83%;其它重复次数中,各种类型所占比例相差不大.进一步比较坛紫菜与条斑紫菜EST-SSR序列,发现2种紫菜SSR类型及比例存在明显差异.根据EST-SSR序列设计合成了10对引物,其中4个位点在8个不同来源坛紫菜叶状体间存在多态性,说明从坛紫菜EST中筛选的SSR标记可以用于进行坛紫菜遗传多样性分析.
微衛星標記作為1種重要的分子標記,在分子標記輔助育種及遺傳圖譜構建中都起到重要的作用.EST文庫搜索法是穫得微衛星標記的途徑之一, 本研究對罈紫菜EST數據庫中6*!035條序列進行搜索,髮現340條EST包含SSR序列,其中三堿基重複最多,佔總數45.95%;其次是兩堿基重複,佔總數的45.38%;再次是六堿基和五堿基,分彆佔總數的5.78%和2.02%;四堿基最少,僅佔總數的0.87%.在兩堿基中AG,GA,TC,CT類型數量最多,佔所有兩堿基SSR的82.8%;在三堿基中CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG類型數量最多,佔所有三堿基SSR的52.83%;其它重複次數中,各種類型所佔比例相差不大.進一步比較罈紫菜與條斑紫菜EST-SSR序列,髮現2種紫菜SSR類型及比例存在明顯差異.根據EST-SSR序列設計閤成瞭10對引物,其中4箇位點在8箇不同來源罈紫菜葉狀體間存在多態性,說明從罈紫菜EST中篩選的SSR標記可以用于進行罈紫菜遺傳多樣性分析.
미위성표기작위1충중요적분자표기,재분자표기보조육충급유전도보구건중도기도중요적작용.EST문고수색법시획득미위성표기적도경지일, 본연구대단자채EST수거고중6*!035조서렬진행수색,발현340조EST포함SSR서렬,기중삼감기중복최다,점총수45.95%;기차시량감기중복,점총수적45.38%;재차시륙감기화오감기,분별점총수적5.78%화2.02%;사감기최소,부점총수적0.87%.재량감기중AG,GA,TC,CT류형수량최다,점소유량감기SSR적82.8%;재삼감기중CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG류형수량최다,점소유삼감기SSR적52.83%;기타중복차수중,각충류형소점비례상차불대.진일보비교단자채여조반자채EST-SSR서렬,발현2충자채SSR류형급비례존재명현차이.근거EST-SSR서렬설계합성료10대인물,기중4개위점재8개불동래원단자채협상체간존재다태성,설명종단자채EST중사선적SSR표기가이용우진행단자채유전다양성분석.
