林业科学
林業科學
임업과학
SCIENTIA SILVAE SINICAE
2012年
2期
75-81
,共7页
罗晓燕%侍婷%蔡斌%高志红
囉曉燕%侍婷%蔡斌%高誌紅
라효연%시정%채빈%고지홍
microRNA%生物信息学预测%李属%核果类果树%表达序列标签%基因组勘测序列
microRNA%生物信息學預測%李屬%覈果類果樹%錶達序列標籤%基因組勘測序列
microRNA%생물신식학예측%리속%핵과류과수%표체서렬표첨%기인조감측서렬
microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用.基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs.从核果类果树的107 982条ESTs和48 273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白.利用miRbase数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20 ～ 23 bp,其中6条为21 bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高.采用poly (A) RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃叶片中表达.
microRNA(miRNAs)是一類非編碼小分子RNA,在植物生長髮育、新陳代謝以及逆境生理中起重要作用.基于生物信息學的基因搜索和同源搜索,從NCBI數據庫中登錄的覈果類果樹的EST和GSS中尋找miRNAs.從覈果類果樹的107 982條ESTs和48 273條GSSs中搜尋到瞭11條miRNAs前體序列,編碼11條成熟體序列,併預測到19箇靶基因,分彆編碼與生長髮育、新陳代謝和轉錄調節等相關的蛋白.利用miRbase數據庫進一步分析錶明:11條miRNAs屬于8箇microRNA傢族,分彆來自桃和梅,其大小為20 ～ 23 bp,其中6條為21 bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高.採用poly (A) RT-PCR方法隨機對預測的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a進行組織錶達驗證,髮現ppe-miR156h在果梅花芽中錶達,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃葉片中錶達.
microRNA(miRNAs)시일류비편마소분자RNA,재식물생장발육、신진대사이급역경생리중기중요작용.기우생물신식학적기인수색화동원수색,종NCBI수거고중등록적핵과류과수적EST화GSS중심조miRNAs.종핵과류과수적107 982조ESTs화48 273조GSSs중수심도료11조miRNAs전체서렬,편마11조성숙체서렬,병예측도19개파기인,분별편마여생장발육、신진대사화전록조절등상관적단백.이용miRbase수거고진일보분석표명:11조miRNAs속우8개microRNA가족,분별래자도화매,기대소위20 ～ 23 bp,기중6조위21 bp,이차ppe-miR162a화ppe-miR164f보수성최고.채용poly (A) RT-PCR방법수궤대예측적ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a진행조직표체험증,발현ppe-miR156h재과매화아중표체,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a재도협편중표체.
