计算机工程与设计
計算機工程與設計
계산궤공정여설계
COMPUTER ENGINEERING AND DESIGN
2012年
5期
1832-1836
,共5页
短测序片段%快速查找表%四进制整数%BPM(位并行匹配算法)%连通路径
短測序片段%快速查找錶%四進製整數%BPM(位併行匹配算法)%連通路徑
단측서편단%쾌속사조표%사진제정수%BPM(위병행필배산법)%련통로경
为了获得高效的拼接结果,针对新测序技术产生的较短测序片段,提出了通过对测序片段编码,将其映射到能够快速查找的自定义表中,结合高效位并行字符串模糊匹配算法-BPM,从自定义表中寻找较长连通路径的方法,实现了对短测序片段的快速拼接.实验结果表明,该算法针对500M的高质量源数据,在耗时136s的情况下,准确度可达79％,覆盖度可达82％；针对错误率为0.1％的500M源数据,在耗时150s的情况下,准确度可达72％,覆盖度可达73％.在短时间内较好的完成了拼接任务.
為瞭穫得高效的拼接結果,針對新測序技術產生的較短測序片段,提齣瞭通過對測序片段編碼,將其映射到能夠快速查找的自定義錶中,結閤高效位併行字符串模糊匹配算法-BPM,從自定義錶中尋找較長連通路徑的方法,實現瞭對短測序片段的快速拼接.實驗結果錶明,該算法針對500M的高質量源數據,在耗時136s的情況下,準確度可達79％,覆蓋度可達82％；針對錯誤率為0.1％的500M源數據,在耗時150s的情況下,準確度可達72％,覆蓋度可達73％.在短時間內較好的完成瞭拼接任務.
위료획득고효적병접결과,침대신측서기술산생적교단측서편단,제출료통과대측서편단편마,장기영사도능구쾌속사조적자정의표중,결합고효위병행자부천모호필배산법-BPM,종자정의표중심조교장련통로경적방법,실현료대단측서편단적쾌속병접.실험결과표명,해산법침대500M적고질량원수거,재모시136s적정황하,준학도가체79％,복개도가체82％；침대착오솔위0.1％적500M원수거,재모시150s적정황하,준학도가체72％,복개도가체73％.재단시간내교호적완성료병접임무.
