中华流行病学杂志
中華流行病學雜誌
중화류행병학잡지
CHINESE JOURNAL OF EPIDEMIOLOGY
2011年
4期
366-369
,共4页
张慧娟%魏建春%张恩民%申小娜%梁莹%朱晓宇%徐冬蕾%孙丽娜%张建华%俞东征%海荣
張慧娟%魏建春%張恩民%申小娜%樑瑩%硃曉宇%徐鼕蕾%孫麗娜%張建華%俞東徵%海榮
장혜연%위건춘%장은민%신소나%량형%주효우%서동뢰%손려나%장건화%유동정%해영
鼠疫耶尔森菌%rRNA基因%识别特征
鼠疫耶爾森菌%rRNA基因%識彆特徵
서역야이삼균%rRNA기인%식별특정
Yersinia pestis%rRNA genes%Identification characteristics
目的 分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的rRNA基因识别特征.方法 通过比较基因组学方法,利用Clustal W软件,对目前已完成全基因组测序的9株鼠疫菌的rRNA基因序列进行分析,分别比对rRNA基因簇两侧的2000bp序列、基因簇内16S、23S、5S rRNA及16S～23S基因间隔区序列,以确定鼠疫菌rRNA基因的识别特征.结果 菌株D182038、D106004、Z176003和CO92分别有6个rRNA基因簇拷贝(6拷贝菌株),菌株91001、KIM、Nepa1516、Antiqua和Pestoides F分别有7个rRNA基因簇拷贝(7拷贝菌株).按照两侧2000bp序列不同,可将鼠疫菌rRNA基因簇分成13种类型,并可将6拷贝与7拷贝菌株进行区分;16S～23S rRNA基因间隔区含有4种不同种类和数量的tRNA基因,可将6拷贝菌株和7拷贝菌株分别进行区分;23S rRNA基因在不同菌株间及不同rRNA拷贝间的碱基突变数方差分析显示,各菌株间F=0.548,P=0.815>0.05;各拷贝间F=5.228,P<0.01.结论 鼠疫菌rRNA基因簇两侧序列、间隔区tRNA基因和23S rRNA基因可作为识别不同菌株和不同rRNA基因簇拷贝的指标,将鼠疫菌不同菌株进行分类.
目的 分析鼠疫耶爾森菌(鼠疫菌)的rRNA基因識彆特徵.方法 通過比較基因組學方法,利用Clustal W軟件,對目前已完成全基因組測序的9株鼠疫菌的rRNA基因序列進行分析,分彆比對rRNA基因簇兩側的2000bp序列、基因簇內16S、23S、5S rRNA及16S～23S基因間隔區序列,以確定鼠疫菌rRNA基因的識彆特徵.結果 菌株D182038、D106004、Z176003和CO92分彆有6箇rRNA基因簇拷貝(6拷貝菌株),菌株91001、KIM、Nepa1516、Antiqua和Pestoides F分彆有7箇rRNA基因簇拷貝(7拷貝菌株).按照兩側2000bp序列不同,可將鼠疫菌rRNA基因簇分成13種類型,併可將6拷貝與7拷貝菌株進行區分;16S～23S rRNA基因間隔區含有4種不同種類和數量的tRNA基因,可將6拷貝菌株和7拷貝菌株分彆進行區分;23S rRNA基因在不同菌株間及不同rRNA拷貝間的堿基突變數方差分析顯示,各菌株間F=0.548,P=0.815>0.05;各拷貝間F=5.228,P<0.01.結論 鼠疫菌rRNA基因簇兩側序列、間隔區tRNA基因和23S rRNA基因可作為識彆不同菌株和不同rRNA基因簇拷貝的指標,將鼠疫菌不同菌株進行分類.
목적 분석서역야이삼균(서역균)적rRNA기인식별특정.방법 통과비교기인조학방법,이용Clustal W연건,대목전이완성전기인조측서적9주서역균적rRNA기인서렬진행분석,분별비대rRNA기인족량측적2000bp서렬、기인족내16S、23S、5S rRNA급16S～23S기인간격구서렬,이학정서역균rRNA기인적식별특정.결과 균주D182038、D106004、Z176003화CO92분별유6개rRNA기인족고패(6고패균주),균주91001、KIM、Nepa1516、Antiqua화Pestoides F분별유7개rRNA기인족고패(7고패균주).안조량측2000bp서렬불동,가장서역균rRNA기인족분성13충류형,병가장6고패여7고패균주진행구분;16S～23S rRNA기인간격구함유4충불동충류화수량적tRNA기인,가장6고패균주화7고패균주분별진행구분;23S rRNA기인재불동균주간급불동rRNA고패간적감기돌변수방차분석현시,각균주간F=0.548,P=0.815>0.05;각고패간F=5.228,P<0.01.결론 서역균rRNA기인족량측서렬、간격구tRNA기인화23S rRNA기인가작위식별불동균주화불동rRNA기인족고패적지표,장서역균불동균주진행분류.
Objective To study the identification characteristics of rRNA genes on Yersinia (Y.)pestis.Methods By means of comparative genomics,we compared the rRNA genome sequences of nine completely sequenced strains of Y. pestis isolated from China and other countries by Clustal W software.we also compared the 2000 bp sequence adjacent to the rRNA genes,rRNA genes and 16S-23S rRNA spacer region respectively to determine the identification features of rRNA genes for Y. pestis.Results There were 6 rRNA gene clusters in the strains of D182038,D106004,Z176003 and CO92 respectively(6 copies strain).There were 7 rRNA gene clusters in the strains of 91001,KIM,Nepa1516,Antiqua and Pestoides F(7 copies strain).According to the 2000 bp sequence,13 types of rRNA gene clusters could classify the strains between the 6 copies and 7 copies.There were 4 types of tRNA gene among the 16S-23S rRNA spacer region that could classify the strains among the 6 copies and 7 copies strains respectively.The number of point mutation among the 23S rRNA gene was statistically different in some copies under ANOVA analysis(F=0.548,P=0.815>0.05 among the strains and F=5.228,P<0.01 among the copies).Conclusion The 2000 bp sequence adjacent to the rRNA genes,tRNA gene and 23S rRNA gene sequence could serve as the identification sign of rRNA genes for classifing the strains of Y. pestis.
