生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2009年
3期
190-192,201
,共4页
祁长乐%吴晓明%尹瑞%刘丽丽%王波
祁長樂%吳曉明%尹瑞%劉麗麗%王波
기장악%오효명%윤서%류려려%왕파
并行计算%模体识别%基因调控%转录因子结合位点
併行計算%模體識彆%基因調控%轉錄因子結閤位點
병행계산%모체식별%기인조공%전록인자결합위점
DNA序列中保守序列的识别需要较大的计算量.开发了一个转录因子结合位点识别的并行算法,能够从多条DNA序列中识别指定长度的序列模式.算法使用概率模型进行序列模式保守性的度量,利用迭代过程实现保守序列的搜索.使用C编程结合MPI消息传递模型开发了相应的程序,并在Windows平台下构建了一个3节点的集群环境,利用20个长度均为200的序列数据集进行测试,实现了模体识别工作,结果表明并行算法使模体识别的效率得到提高.
DNA序列中保守序列的識彆需要較大的計算量.開髮瞭一箇轉錄因子結閤位點識彆的併行算法,能夠從多條DNA序列中識彆指定長度的序列模式.算法使用概率模型進行序列模式保守性的度量,利用迭代過程實現保守序列的搜索.使用C編程結閤MPI消息傳遞模型開髮瞭相應的程序,併在Windows平檯下構建瞭一箇3節點的集群環境,利用20箇長度均為200的序列數據集進行測試,實現瞭模體識彆工作,結果錶明併行算法使模體識彆的效率得到提高.
DNA서렬중보수서렬적식별수요교대적계산량.개발료일개전록인자결합위점식별적병행산법,능구종다조DNA서렬중식별지정장도적서렬모식.산법사용개솔모형진행서렬모식보수성적도량,이용질대과정실현보수서렬적수색.사용C편정결합MPI소식전체모형개발료상응적정서,병재Windows평태하구건료일개3절점적집군배경,이용20개장도균위200적서렬수거집진행측시,실현료모체식별공작,결과표명병행산법사모체식별적효솔득도제고.
