生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2010年
3期
233-236
,共4页
林元震%陈晓阳%郭海%刘纯鑫%黄少伟
林元震%陳曉暘%郭海%劉純鑫%黃少偉
림원진%진효양%곽해%류순흠%황소위
火炬松%EST%热胁迫%表达谱
火炬鬆%EST%熱脅迫%錶達譜
화거송%EST%열협박%표체보
以火炬松热胁迫cDNA文库的EST序列为材料,对EST序列进行聚类、拼接等处理后,再进行Blast同源比对以及基因GO注释分析.研究结果如下:从Forest TreeDB数据库中下载了火炬松热胁迫cDNA文库的所有EST序列,共4 283条.EST序列经CAP3拼接后,获得2 062个UniGene,其中934个Contig,1 128个Singletons.对UniGene进行同源检索,按照GO的分子功能、生物过程和细胞组分三个不同分类角度分类,被赋予功能的基因数累计达4 661个,但365个(17.7%)的序列与核酸和蛋白数据库无序列同源性,即17.7%为新发现的基因.经对所有具有功能的基因研究发现,受外界胁迫表达的抗逆相关基因含量较高.上述研究结果对于研究火炬松热胁迫基因表达特征与抗逆分子机制具有一定的借鉴价值,以及开发火炬松新分子标记与开展分子辅助育种具有一定的指导意义.
以火炬鬆熱脅迫cDNA文庫的EST序列為材料,對EST序列進行聚類、拼接等處理後,再進行Blast同源比對以及基因GO註釋分析.研究結果如下:從Forest TreeDB數據庫中下載瞭火炬鬆熱脅迫cDNA文庫的所有EST序列,共4 283條.EST序列經CAP3拼接後,穫得2 062箇UniGene,其中934箇Contig,1 128箇Singletons.對UniGene進行同源檢索,按照GO的分子功能、生物過程和細胞組分三箇不同分類角度分類,被賦予功能的基因數纍計達4 661箇,但365箇(17.7%)的序列與覈痠和蛋白數據庫無序列同源性,即17.7%為新髮現的基因.經對所有具有功能的基因研究髮現,受外界脅迫錶達的抗逆相關基因含量較高.上述研究結果對于研究火炬鬆熱脅迫基因錶達特徵與抗逆分子機製具有一定的藉鑒價值,以及開髮火炬鬆新分子標記與開展分子輔助育種具有一定的指導意義.
이화거송열협박cDNA문고적EST서렬위재료,대EST서렬진행취류、병접등처리후,재진행Blast동원비대이급기인GO주석분석.연구결과여하:종Forest TreeDB수거고중하재료화거송열협박cDNA문고적소유EST서렬,공4 283조.EST서렬경CAP3병접후,획득2 062개UniGene,기중934개Contig,1 128개Singletons.대UniGene진행동원검색,안조GO적분자공능、생물과정화세포조분삼개불동분류각도분류,피부여공능적기인수루계체4 661개,단365개(17.7%)적서렬여핵산화단백수거고무서렬동원성,즉17.7%위신발현적기인.경대소유구유공능적기인연구발현,수외계협박표체적항역상관기인함량교고.상술연구결과대우연구화거송열협박기인표체특정여항역분자궤제구유일정적차감개치,이급개발화거송신분자표기여개전분자보조육충구유일정적지도의의.
