临床检验杂志
臨床檢驗雜誌
림상검험잡지
2005年
2期
84-87
,共4页
甄国亮%齐名%陈亚利%熊华%王艾丽%李保仝%武建国
甄國亮%齊名%陳亞利%熊華%王艾麗%李保仝%武建國
견국량%제명%진아리%웅화%왕애려%리보동%무건국
丙型肝炎病毒%基因芯片%探针%生物信息学
丙型肝炎病毒%基因芯片%探針%生物信息學
병형간염병독%기인심편%탐침%생물신식학
目的探讨适用于临床实验室的丙型肝炎病毒(hepatictis C virus,HCV)基因分型诊断芯片的探针设计方案.方法用Taxonomy Browser和BLAST工具搜索GenBank中所有已登录的HCV序列,用Clustal.W算法进行序列连配与比对,用生物信息学方法获得5′非编码区(5′UTR)和核心蛋白区(C区)的比对文件,根据探针设计的原则和要求,确定探针在序列中的位置.用Oligo 6.0 和Primer Premier 5.0软件设计探针.设计芯片上6×6的探针阵列模式.结果从778个HCV序列中获得5′UTR和C区序列变异比对文件,发现7个存在活跃共突变的区域.根据序列分析数据设计了5′UTR 27个探针和C区9个探针.设计了由不同的探针组合构成的33种杂交阵列模式.结论采用5′UTR和C区多探针联合检测的基因芯片技术可简化HCV分型方法,提高检测结果的特异性.
目的探討適用于臨床實驗室的丙型肝炎病毒(hepatictis C virus,HCV)基因分型診斷芯片的探針設計方案.方法用Taxonomy Browser和BLAST工具搜索GenBank中所有已登錄的HCV序列,用Clustal.W算法進行序列連配與比對,用生物信息學方法穫得5′非編碼區(5′UTR)和覈心蛋白區(C區)的比對文件,根據探針設計的原則和要求,確定探針在序列中的位置.用Oligo 6.0 和Primer Premier 5.0軟件設計探針.設計芯片上6×6的探針陣列模式.結果從778箇HCV序列中穫得5′UTR和C區序列變異比對文件,髮現7箇存在活躍共突變的區域.根據序列分析數據設計瞭5′UTR 27箇探針和C區9箇探針.設計瞭由不同的探針組閤構成的33種雜交陣列模式.結論採用5′UTR和C區多探針聯閤檢測的基因芯片技術可簡化HCV分型方法,提高檢測結果的特異性.
목적탐토괄용우림상실험실적병형간염병독(hepatictis C virus,HCV)기인분형진단심편적탐침설계방안.방법용Taxonomy Browser화BLAST공구수색GenBank중소유이등록적HCV서렬,용Clustal.W산법진행서렬련배여비대,용생물신식학방법획득5′비편마구(5′UTR)화핵심단백구(C구)적비대문건,근거탐침설계적원칙화요구,학정탐침재서렬중적위치.용Oligo 6.0 화Primer Premier 5.0연건설계탐침.설계심편상6×6적탐침진렬모식.결과종778개HCV서렬중획득5′UTR화C구서렬변이비대문건,발현7개존재활약공돌변적구역.근거서렬분석수거설계료5′UTR 27개탐침화C구9개탐침.설계료유불동적탐침조합구성적33충잡교진렬모식.결론채용5′UTR화C구다탐침연합검측적기인심편기술가간화HCV분형방법,제고검측결과적특이성.
