中国药物化学杂志
中國藥物化學雜誌
중국약물화학잡지
Chinese Journal of Medicinal Chemistry
2008年
3期
161-169
,共9页
张彤%李宗圣%金宏威%刘振明%张亮仁%张礼和
張彤%李宗聖%金宏威%劉振明%張亮仁%張禮和
장동%리종골%금굉위%류진명%장량인%장례화
分子动力学模拟%异核苷%骨架结构%螺旋参数%结合自由能
分子動力學模擬%異覈苷%骨架結構%螺鏇參數%結閤自由能
분자동역학모의%이핵감%골가결구%라선삼수%결합자유능
目的 研究异核苷的掺入对DNA:DNA双链的结构特征以及杂交热稳定性的影响.方法 对含有16个碱基序列的DNA:DNA杂交双链d(T)16:d(A)16(Do:D)以及异核苷isoT掺入的两条杂交双链D1:D和D2:D分别以标准A型和B型双螺旋结构为起始模型,进行了4 ns时间内水溶液中的分子动力学模拟研究.并在此基础上进行结构分析以及结合自由能的计算.结果 D0:D、D1:D和D2:D三条杂交双链都发生了A型向B型结构的转化,得到了B型的稳定构象;Watson-Crick氢键结构都保持得很好,并且彼此之问没有大的差别;D1:D和D2:D的骨架结构和螺旋参数值与正常双链相比有一定的差别,特别是在异核苷掺入部位;结合自由能计算结果与实验值相吻合.结论 异核苷的掺入使DNA杂交双链的结构变得不规整,碱基堆积作用降低,杂交热稳定性下降.并且异核苷位于中间位置时引起的结构变化大于异核苷位于3'-末端时.三条DNA双链结合自由能的不同主要来自于静电相互作用的不同.
目的 研究異覈苷的摻入對DNA:DNA雙鏈的結構特徵以及雜交熱穩定性的影響.方法 對含有16箇堿基序列的DNA:DNA雜交雙鏈d(T)16:d(A)16(Do:D)以及異覈苷isoT摻入的兩條雜交雙鏈D1:D和D2:D分彆以標準A型和B型雙螺鏇結構為起始模型,進行瞭4 ns時間內水溶液中的分子動力學模擬研究.併在此基礎上進行結構分析以及結閤自由能的計算.結果 D0:D、D1:D和D2:D三條雜交雙鏈都髮生瞭A型嚮B型結構的轉化,得到瞭B型的穩定構象;Watson-Crick氫鍵結構都保持得很好,併且彼此之問沒有大的差彆;D1:D和D2:D的骨架結構和螺鏇參數值與正常雙鏈相比有一定的差彆,特彆是在異覈苷摻入部位;結閤自由能計算結果與實驗值相吻閤.結論 異覈苷的摻入使DNA雜交雙鏈的結構變得不規整,堿基堆積作用降低,雜交熱穩定性下降.併且異覈苷位于中間位置時引起的結構變化大于異覈苷位于3'-末耑時.三條DNA雙鏈結閤自由能的不同主要來自于靜電相互作用的不同.
목적 연구이핵감적참입대DNA:DNA쌍련적결구특정이급잡교열은정성적영향.방법 대함유16개감기서렬적DNA:DNA잡교쌍련d(T)16:d(A)16(Do:D)이급이핵감isoT참입적량조잡교쌍련D1:D화D2:D분별이표준A형화B형쌍라선결구위기시모형,진행료4 ns시간내수용액중적분자동역학모의연구.병재차기출상진행결구분석이급결합자유능적계산.결과 D0:D、D1:D화D2:D삼조잡교쌍련도발생료A형향B형결구적전화,득도료B형적은정구상;Watson-Crick경건결구도보지득흔호,병차피차지문몰유대적차별;D1:D화D2:D적골가결구화라선삼수치여정상쌍련상비유일정적차별,특별시재이핵감참입부위;결합자유능계산결과여실험치상문합.결론 이핵감적참입사DNA잡교쌍련적결구변득불규정,감기퇴적작용강저,잡교열은정성하강.병차이핵감위우중간위치시인기적결구변화대우이핵감위우3'-말단시.삼조DNA쌍련결합자유능적불동주요래자우정전상호작용적불동.
