分析化学
分析化學
분석화학
CHINESE JOURNAL OF ANALYTICAL CHEMISTRY
2007年
1期
19-24
,共6页
薛晓芳%吴松锋%朱云平%贺福初
薛曉芳%吳鬆鋒%硃雲平%賀福初
설효방%오송봉%주운평%하복초
EM算法%鸟枪法%蛋白无标记定量%质谱数
EM算法%鳥鎗法%蛋白無標記定量%質譜數
EM산법%조창법%단백무표기정량%질보수
蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段.在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法.根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和基于质谱峰强度的方法.本研究主要用EM算法改进基于鉴定蛋白质谱数的定量方法,并用免疫印迹实验获得的酵母全蛋白的丰度来验证EM算法改进后定量的有效性.结果表明,改进后的质谱数和蛋白丰度的相关性比改进前有一定的提高.同时,利用这些数据对主要的几种基于鉴定蛋白的质谱数的模型进行了比较,发现PAI模型最好,SpS模型次之,emPAI模型最不适合于蛋白质定量.
蛋白質定量是探索疾病髮生髮展狀況和尋找新藥靶標的重要手段.在shotgun蛋白組學中,目前常用定量方法包括綜閤同位素標記後的質譜峰彊度方法和無標記定量方法.根據數據類型無標記定量方法可以分為兩類:基于鑒定蛋白的質譜數的方法和基于質譜峰彊度的方法.本研究主要用EM算法改進基于鑒定蛋白質譜數的定量方法,併用免疫印跡實驗穫得的酵母全蛋白的豐度來驗證EM算法改進後定量的有效性.結果錶明,改進後的質譜數和蛋白豐度的相關性比改進前有一定的提高.同時,利用這些數據對主要的幾種基于鑒定蛋白的質譜數的模型進行瞭比較,髮現PAI模型最好,SpS模型次之,emPAI模型最不適閤于蛋白質定量.
단백질정량시탐색질병발생발전상황화심조신약파표적중요수단.재shotgun단백조학중,목전상용정량방법포괄종합동위소표기후적질보봉강도방법화무표기정량방법.근거수거류형무표기정량방법가이분위량류:기우감정단백적질보수적방법화기우질보봉강도적방법.본연구주요용EM산법개진기우감정단백질보수적정량방법,병용면역인적실험획득적효모전단백적봉도래험증EM산법개진후정량적유효성.결과표명,개진후적질보수화단백봉도적상관성비개진전유일정적제고.동시,이용저사수거대주요적궤충기우감정단백적질보수적모형진행료비교,발현PAI모형최호,SpS모형차지,emPAI모형최불괄합우단백질정량.
