化学物理学报
化學物理學報
화학물이학보
CHINESE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS
2003年
2期
117-121
,共5页
蛋白质折叠预测%相对熵%优化方法%非格点模型
蛋白質摺疊預測%相對熵%優化方法%非格點模型
단백질절첩예측%상대적%우화방법%비격점모형
用"相对熵"作为优化函数,提出了一个有效快速的折叠预测优化算法.使用了非格点模型,预测只关心蛋白质主链的走向.其中只用到了蛋白质主链上的两两连续的Cα原子间的距离信息以及20种氨基酸的接触势的一个扩展形式.对几个真实蛋白质做了算法测试,预测的初始结构都为比较大的去折叠态,预测构象相对于它们天然结构的均方根偏差(RMSD)为5～7 A.从原理上讲,该方法是对能量优化的改进.
用"相對熵"作為優化函數,提齣瞭一箇有效快速的摺疊預測優化算法.使用瞭非格點模型,預測隻關心蛋白質主鏈的走嚮.其中隻用到瞭蛋白質主鏈上的兩兩連續的Cα原子間的距離信息以及20種氨基痠的接觸勢的一箇擴展形式.對幾箇真實蛋白質做瞭算法測試,預測的初始結構都為比較大的去摺疊態,預測構象相對于它們天然結構的均方根偏差(RMSD)為5～7 A.從原理上講,該方法是對能量優化的改進.
용"상대적"작위우화함수,제출료일개유효쾌속적절첩예측우화산법.사용료비격점모형,예측지관심단백질주련적주향.기중지용도료단백질주련상적량량련속적Cα원자간적거리신식이급20충안기산적접촉세적일개확전형식.대궤개진실단백질주료산법측시,예측적초시결구도위비교대적거절첩태,예측구상상대우타문천연결구적균방근편차(RMSD)위5～7 A.종원리상강,해방법시대능량우화적개진.
