山西大学学报(自然科学版)
山西大學學報(自然科學版)
산서대학학보(자연과학판)
JOURNAL OF SHANXI UNIVERSITY
2002年
4期
354-357
,共4页
ERIC(IRU)%重复序列%HMMER%全基因组序列搜索
ERIC(IRU)%重複序列%HMMER%全基因組序列搜索
ERIC(IRU)%중복서렬%HMMER%전기인조서렬수색
重复DNA序列是细菌基因组中的一个重要组成部分,而ERIC(IRU)序列是在肠道细菌基因组中发现的一类基因间重复序列.本研究使用HMMER软件建立ERIC序列族的模型,并用该模型对46个已测序的菌株进行全基因组序列搜索,并对搜索结果进行比较分析,找出ERIC(IRU)序列在不同细菌基因组中的分布规律,即ERIC序列主要存在于肠道细菌中,并不是在细菌基因组中普遍存在的.
重複DNA序列是細菌基因組中的一箇重要組成部分,而ERIC(IRU)序列是在腸道細菌基因組中髮現的一類基因間重複序列.本研究使用HMMER軟件建立ERIC序列族的模型,併用該模型對46箇已測序的菌株進行全基因組序列搜索,併對搜索結果進行比較分析,找齣ERIC(IRU)序列在不同細菌基因組中的分佈規律,即ERIC序列主要存在于腸道細菌中,併不是在細菌基因組中普遍存在的.
중복DNA서렬시세균기인조중적일개중요조성부분,이ERIC(IRU)서렬시재장도세균기인조중발현적일류기인간중복서렬.본연구사용HMMER연건건립ERIC서렬족적모형,병용해모형대46개이측서적균주진행전기인조서렬수색,병대수색결과진행비교분석,조출ERIC(IRU)서렬재불동세균기인조중적분포규률,즉ERIC서렬주요존재우장도세균중,병불시재세균기인조중보편존재적.
