云南农业大学学报
雲南農業大學學報
운남농업대학학보
JOURNAL OF YUNNAN AGRICULTURAL UNIVERSITY
2012年
5期
623-630
,共8页
刘林%孙来亮%兰茗清%杨静%查友贵%李成云
劉林%孫來亮%蘭茗清%楊靜%查友貴%李成雲
류림%손래량%란명청%양정%사우귀%리성운
小麦%表达序列标签%微卫星
小麥%錶達序列標籤%微衛星
소맥%표체서렬표첨%미위성
为开发出具有丰富多态性的、新型的小麦EST-SSR标记,利用已公布的1 071 367条小麦表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,对≥24 bp的微卫星或简单重复序列进行了系统分析.结果表明,在所分析的小麦EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80％的SSR序列32 350个.在这些SSR中,单碱基SSR最多,数量达18 075个,占SSR总数的55.9％；其次为3核苷酸SSR,共6 106个,占SSR总数的18.7％,重复数大于30次以上的达444个,占所有3核苷酸SSR的7.2％.4核苷酸SSR数量最少,仅有696个,仅占SSR总数的2.2％.研究中收搜索到的6核苷酸SSR共1 562个,其基序组成可分为145类,优势基序为AGCCGC(达214个).以上结果说明小麦EST序列中含有丰富的SSR,这非常有利于开发多态性较高的EST-SSR标记.
為開髮齣具有豐富多態性的、新型的小麥EST-SSR標記,利用已公佈的1 071 367條小麥錶達序列標籤(expressed sequence tags,EST)序列,對≥24 bp的微衛星或簡單重複序列進行瞭繫統分析.結果錶明,在所分析的小麥EST序列中,搜索到長度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80％的SSR序列32 350箇.在這些SSR中,單堿基SSR最多,數量達18 075箇,佔SSR總數的55.9％；其次為3覈苷痠SSR,共6 106箇,佔SSR總數的18.7％,重複數大于30次以上的達444箇,佔所有3覈苷痠SSR的7.2％.4覈苷痠SSR數量最少,僅有696箇,僅佔SSR總數的2.2％.研究中收搜索到的6覈苷痠SSR共1 562箇,其基序組成可分為145類,優勢基序為AGCCGC(達214箇).以上結果說明小麥EST序列中含有豐富的SSR,這非常有利于開髮多態性較高的EST-SSR標記.
위개발출구유봉부다태성적、신형적소맥EST-SSR표기,이용이공포적1 071 367조소맥표체서렬표첨(expressed sequence tags,EST)서렬,대≥24 bp적미위성혹간단중복서렬진행료계통분석.결과표명,재소분석적소맥EST서렬중,수색도장도대우혹등우24 bp,기서필배치대우80％적SSR서렬32 350개.재저사SSR중,단감기SSR최다,수량체18 075개,점SSR총수적55.9％；기차위3핵감산SSR,공6 106개,점SSR총수적18.7％,중복수대우30차이상적체444개,점소유3핵감산SSR적7.2％.4핵감산SSR수량최소,부유696개,부점SSR총수적2.2％.연구중수수색도적6핵감산SSR공1 562개,기기서조성가분위145류,우세기서위AGCCGC(체214개).이상결과설명소맥EST서렬중함유봉부적SSR,저비상유리우개발다태성교고적EST-SSR표기.
