作物学报
作物學報
작물학보
ACTA AGRONOMICA SINICA
2006年
1期
51-56
,共6页
四向杂交设计%QTL作图%极大似然估计%EM算法
四嚮雜交設計%QTL作圖%極大似然估計%EM算法
사향잡교설계%QTL작도%겁대사연고계%EM산법
四向杂交(four-way cross)设计是指4个纯系亲本参与杂交衍生分离群体的一种交配设计.尽管国际上已经提出基于四向杂交设计的迭代重新加权最小平方(iteratively reweighed least squares,IRWLS)QTL作图方法,但该方法忽略了双侧标记基因型内QTL基因型的混合分布特性,当QTL位置和标记的位置不重合时作图精度较低.本文根据四向杂交设计的数量遗传模型,发展出基于四向杂交设计和混合分布理论的QTL作图的极大似然估计方法.首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染色体上任一假定位置QTL的条件概率,然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法.以计算机模拟数据研究了QTL遗传力、样本容量和分子标记信息含量3个因素对方法的影响,结果表明:(1)在QTL的被发现能力上,标记信息不完全的四向杂交设计仅略低于信息完全时的四向杂交设计;(2)随着QTL遗传力、样本容量和标记信息含量的增大,QTL位置以及效应估计值的准确度和精确度逐步提高.
四嚮雜交(four-way cross)設計是指4箇純繫親本參與雜交衍生分離群體的一種交配設計.儘管國際上已經提齣基于四嚮雜交設計的迭代重新加權最小平方(iteratively reweighed least squares,IRWLS)QTL作圖方法,但該方法忽略瞭雙側標記基因型內QTL基因型的混閤分佈特性,噹QTL位置和標記的位置不重閤時作圖精度較低.本文根據四嚮雜交設計的數量遺傳模型,髮展齣基于四嚮雜交設計和混閤分佈理論的QTL作圖的極大似然估計方法.首先利用染色體上所有標記基因型聯閤計算該染色體上任一假定位置QTL的條件概率,然後根據混閤分佈理論建立基于EM算法實現的QTL作圖的極大似然估計方法.以計算機模擬數據研究瞭QTL遺傳力、樣本容量和分子標記信息含量3箇因素對方法的影響,結果錶明:(1)在QTL的被髮現能力上,標記信息不完全的四嚮雜交設計僅略低于信息完全時的四嚮雜交設計;(2)隨著QTL遺傳力、樣本容量和標記信息含量的增大,QTL位置以及效應估計值的準確度和精確度逐步提高.
사향잡교(four-way cross)설계시지4개순계친본삼여잡교연생분리군체적일충교배설계.진관국제상이경제출기우사향잡교설계적질대중신가권최소평방(iteratively reweighed least squares,IRWLS)QTL작도방법,단해방법홀략료쌍측표기기인형내QTL기인형적혼합분포특성,당QTL위치화표기적위치불중합시작도정도교저.본문근거사향잡교설계적수량유전모형,발전출기우사향잡교설계화혼합분포이론적QTL작도적겁대사연고계방법.수선이용염색체상소유표기기인형연합계산해염색체상임일가정위치QTL적조건개솔,연후근거혼합분포이론건립기우EM산법실현적QTL작도적겁대사연고계방법.이계산궤모의수거연구료QTL유전력、양본용량화분자표기신식함량3개인소대방법적영향,결과표명:(1)재QTL적피발현능력상,표기신식불완전적사향잡교설계부략저우신식완전시적사향잡교설계;(2)수착QTL유전력、양본용량화표기신식함량적증대,QTL위치이급효응고계치적준학도화정학도축보제고.
