畜牧兽医学报
畜牧獸醫學報
축목수의학보
2012年
5期
693-700
,共8页
冯安学%钱丽丽%贾青%邢增喜
馮安學%錢麗麗%賈青%邢增喜
풍안학%전려려%가청%형증희
山羊%繁殖力%差异表达基因%生物信息学
山羊%繁殖力%差異錶達基因%生物信息學
산양%번식력%차이표체기인%생물신식학
为考察山羊多羔性的遗传基础,以不同繁殖力的河北中部本地固有山羊为研究对象,在发情期卵巢组织用差异表达PCR方法筛查到4条基因差异片段作为山羊繁殖力性状候选基因.对这些候选基因进行同源性和转录因子结合位点分析,发现4个差异片段中2条为新发现的表达片段.1条与野猪中获得的克隆片段THY010003E05的同源性为81%,但功能未知.另1条差异片段的序列与牛pcnp的mRNA序列的同源性为94%,并据此对山羊pcnp基因进行PCR扩增、克隆及序列测定.应用生物信息学的相关软件和方法,对山羊PCNP蛋白的理化性质、二级结构、信号肽、核定位序列、磷酸化位点、跨膜区域以及蛋白质功能域等进行预测.结果,山羊pcnp基因完整CDS序列与牛的pcnp基因完整CDS序列同源性为100%,编码区为537 bp,编码179个氨基酸;推测与其他已报道的物种一样,山羊PCNP蛋白也是主要位于细胞核中的亲水蛋白,二级结构以无规则卷曲和α螺旋为主,局部为延伸链和β转角;预测出与PCNP蛋白相互作用的5种蛋白,另外还发现了3个LCR( Low complexity region)区域.由此推测,PCNP在物种间相对保守,而且其最可能在细胞核中行使功能,对细胞周期或某些基因的表达产生影响,进而影响山羊繁殖力.
為攷察山羊多羔性的遺傳基礎,以不同繁殖力的河北中部本地固有山羊為研究對象,在髮情期卵巢組織用差異錶達PCR方法篩查到4條基因差異片段作為山羊繁殖力性狀候選基因.對這些候選基因進行同源性和轉錄因子結閤位點分析,髮現4箇差異片段中2條為新髮現的錶達片段.1條與野豬中穫得的剋隆片段THY010003E05的同源性為81%,但功能未知.另1條差異片段的序列與牛pcnp的mRNA序列的同源性為94%,併據此對山羊pcnp基因進行PCR擴增、剋隆及序列測定.應用生物信息學的相關軟件和方法,對山羊PCNP蛋白的理化性質、二級結構、信號肽、覈定位序列、燐痠化位點、跨膜區域以及蛋白質功能域等進行預測.結果,山羊pcnp基因完整CDS序列與牛的pcnp基因完整CDS序列同源性為100%,編碼區為537 bp,編碼179箇氨基痠;推測與其他已報道的物種一樣,山羊PCNP蛋白也是主要位于細胞覈中的親水蛋白,二級結構以無規則捲麯和α螺鏇為主,跼部為延伸鏈和β轉角;預測齣與PCNP蛋白相互作用的5種蛋白,另外還髮現瞭3箇LCR( Low complexity region)區域.由此推測,PCNP在物種間相對保守,而且其最可能在細胞覈中行使功能,對細胞週期或某些基因的錶達產生影響,進而影響山羊繁殖力.
위고찰산양다고성적유전기출,이불동번식력적하북중부본지고유산양위연구대상,재발정기란소조직용차이표체PCR방법사사도4조기인차이편단작위산양번식력성상후선기인.대저사후선기인진행동원성화전록인자결합위점분석,발현4개차이편단중2조위신발현적표체편단.1조여야저중획득적극륭편단THY010003E05적동원성위81%,단공능미지.령1조차이편단적서렬여우pcnp적mRNA서렬적동원성위94%,병거차대산양pcnp기인진행PCR확증、극륭급서렬측정.응용생물신식학적상관연건화방법,대산양PCNP단백적이화성질、이급결구、신호태、핵정위서렬、린산화위점、과막구역이급단백질공능역등진행예측.결과,산양pcnp기인완정CDS서렬여우적pcnp기인완정CDS서렬동원성위100%,편마구위537 bp,편마179개안기산;추측여기타이보도적물충일양,산양PCNP단백야시주요위우세포핵중적친수단백,이급결구이무규칙권곡화α라선위주,국부위연신련화β전각;예측출여PCNP단백상호작용적5충단백,령외환발현료3개LCR( Low complexity region)구역.유차추측,PCNP재물충간상대보수,이차기최가능재세포핵중행사공능,대세포주기혹모사기인적표체산생영향,진이영향산양번식력.