计算机工程与应用
計算機工程與應用
계산궤공정여응용
COMPUTER ENGINEERING AND APPLICATIONS
2010年
8期
217-220
,共4页
姚雄武%郑金华%李晶%文诗华
姚雄武%鄭金華%李晶%文詩華
요웅무%정금화%리정%문시화
生物信息学%单体型检测%遗传算法%单核苷酸多态性
生物信息學%單體型檢測%遺傳算法%單覈苷痠多態性
생물신식학%단체형검측%유전산법%단핵감산다태성
bioinformatics%haplotype detection%genetic algorithm%Single-Nucleotide Polymorphisms(SNP)
单体型组装加权最小字符翻转(WMLF)问题指定个体联配的加权DNA片断数据,翻转权值和最小的SNP位点以推测出该个体的一对单体型.该问题是NP-难的,至今尚无实用的搜索寻优算法.根据DNA测序片段数据的特点提出了一种遗传算法.对于实际的生物实验数据,即使数据很大,该算法也可以在较短的时间得到WMLF问题的满意解,具有良好的可扩展性和较高的实用价值.
單體型組裝加權最小字符翻轉(WMLF)問題指定箇體聯配的加權DNA片斷數據,翻轉權值和最小的SNP位點以推測齣該箇體的一對單體型.該問題是NP-難的,至今尚無實用的搜索尋優算法.根據DNA測序片段數據的特點提齣瞭一種遺傳算法.對于實際的生物實驗數據,即使數據很大,該算法也可以在較短的時間得到WMLF問題的滿意解,具有良好的可擴展性和較高的實用價值.
단체형조장가권최소자부번전(WMLF)문제지정개체련배적가권DNA편단수거,번전권치화최소적SNP위점이추측출해개체적일대단체형.해문제시NP-난적,지금상무실용적수색심우산법.근거DNA측서편단수거적특점제출료일충유전산법.대우실제적생물실험수거,즉사수거흔대,해산법야가이재교단적시간득도WMLF문제적만의해,구유량호적가확전성화교고적실용개치.
Given a set of weighted aligned DNA fragments of an individual,the haplotype assembly problem Weighted Minimum Letter Flips(WMLF)is to infer a pair of haplotypes of the individual by flipping some SNPs with the sum of weights of the flipped SNPs minimized,WMLF is NP-hard,and there is no practical algorithm to search optimal solution for the problem.Based on the characters of DNA fragments,this paper introduces a genetic algorithm.For the practical fragment data,the algorithm can solve the WMLF problem efficiently even if the data are larger,and it is scalable and applicable in practice.