基因组学与应用生物学
基因組學與應用生物學
기인조학여응용생물학
GENOMICS AND APPLIED BIOLOGY
2009年
3期
535-543
,共9页
张晓红%李发根%王宇%徐立安%李梅%甘四明
張曉紅%李髮根%王宇%徐立安%李梅%甘四明
장효홍%리발근%왕우%서립안%리매%감사명
桉树%表达序列标签%PCR 产物纯化%重测序
桉樹%錶達序列標籤%PCR 產物純化%重測序
안수%표체서렬표첨%PCR 산물순화%중측서
EST-PCR产物测序是EST标记开发的重要步骤.本研究利用乙醇-醋酸钠法、清洁试剂盒、虾碱磷酸酶(SAP)-核酸外切酶Ⅰ(Exo Ⅰ)法和凝胶回收试剂盒4种方法,对6个桉树EST-PCR产物的纯化效果和测序结果进行了比较,推荐乙醇-醋酸钠法为首选的纯化方法;利用测序试剂盒Bigdye TerminatorV 3.1,对1/2、1/4、1/8、1/16和1/32标准用量(8.0μL)的测序结果的分析表明,1/16和1/32用量仍可有效测序,均可作为优先的测序试剂用量.同时,也发现EST-PCR扩增谱带单一、明亮的序列与设计的目标EST具有较好的同源性,开发SNP和Indel标记的潜力极大,但较弱的谱带则可能是非特异性扩增的产物.乙醇-醋酸钠法纯化和BigdyeTerminator 1/16或1/32用量的测序方案,具有成本低和操作简便的优点,适合96孔板或384孔板大规模EST-PCR产物的测序.
EST-PCR產物測序是EST標記開髮的重要步驟.本研究利用乙醇-醋痠鈉法、清潔試劑盒、蝦堿燐痠酶(SAP)-覈痠外切酶Ⅰ(Exo Ⅰ)法和凝膠迴收試劑盒4種方法,對6箇桉樹EST-PCR產物的純化效果和測序結果進行瞭比較,推薦乙醇-醋痠鈉法為首選的純化方法;利用測序試劑盒Bigdye TerminatorV 3.1,對1/2、1/4、1/8、1/16和1/32標準用量(8.0μL)的測序結果的分析錶明,1/16和1/32用量仍可有效測序,均可作為優先的測序試劑用量.同時,也髮現EST-PCR擴增譜帶單一、明亮的序列與設計的目標EST具有較好的同源性,開髮SNP和Indel標記的潛力極大,但較弱的譜帶則可能是非特異性擴增的產物.乙醇-醋痠鈉法純化和BigdyeTerminator 1/16或1/32用量的測序方案,具有成本低和操作簡便的優點,適閤96孔闆或384孔闆大規模EST-PCR產物的測序.
EST-PCR산물측서시EST표기개발적중요보취.본연구이용을순-작산납법、청길시제합、하감린산매(SAP)-핵산외절매Ⅰ(Exo Ⅰ)법화응효회수시제합4충방법,대6개안수EST-PCR산물적순화효과화측서결과진행료비교,추천을순-작산납법위수선적순화방법;이용측서시제합Bigdye TerminatorV 3.1,대1/2、1/4、1/8、1/16화1/32표준용량(8.0μL)적측서결과적분석표명,1/16화1/32용량잉가유효측서,균가작위우선적측서시제용량.동시,야발현EST-PCR확증보대단일、명량적서렬여설계적목표EST구유교호적동원성,개발SNP화Indel표기적잠력겁대,단교약적보대칙가능시비특이성확증적산물.을순-작산납법순화화BigdyeTerminator 1/16혹1/32용량적측서방안,구유성본저화조작간편적우점,괄합96공판혹384공판대규모EST-PCR산물적측서.
